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- PDB-4xz5: Structure of the thermostable alpha-Carbonic Anydrase from Thiomi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xz5
タイトルStructure of the thermostable alpha-Carbonic Anydrase from Thiomicrospira crunogena XCL-2 gammaproteobacterium
要素Carbonic anhydrase, alpha family
キーワードLYASE / Carbonic Anhydrase / Thiomicrospira crunogena XCL-2 / thermostability / CO2 sequestration
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Thiomicrospira crunogena
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Mahon, B.P. / Diaz-Torres, N.A. / Pinard, M.A. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM25154 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and biophysical characterization of the alpha-carbonic anhydrase from the gammaproteobacterium Thiomicrospira crunogena XCL-2: insights into engineering thermostable enzymes ...タイトル: Structural and biophysical characterization of the alpha-carbonic anhydrase from the gammaproteobacterium Thiomicrospira crunogena XCL-2: insights into engineering thermostable enzymes for CO2 sequestration.
著者: Diaz-Torres, N.A. / Mahon, B.P. / Boone, C.D. / Pinard, M.A. / Tu, C. / Ng, R. / Agbandje-McKenna, M. / Silverman, D. / Scott, K. / McKenna, R.
履歴
登録2015年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase, alpha family
B: Carbonic anhydrase, alpha family
C: Carbonic anhydrase, alpha family
D: Carbonic anhydrase, alpha family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,24312
ポリマ－106,7374
非ポリマー5068
水66737
1
A: Carbonic anhydrase, alpha family
B: Carbonic anhydrase, alpha family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6216
ポリマ－53,3682
非ポリマー2534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
2
C: Carbonic anhydrase, alpha family
D: Carbonic anhydrase, alpha family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6216
ポリマ－53,3682
非ポリマー2534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.059, 102.228, 105.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 75 - 304 / Label seq-ID: 1 - 230

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase, alpha family


分子量: 26684.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiomicrospira crunogena (strain XCL-2) (バクテリア)
株: XCL-2 / 遺伝子: Tcr_1545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31FD6, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9177 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9177 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 32793 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 0.815 / Net I/av σ(I): 9.212 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 120808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.693.50.40532530.88199.1
2.69-2.83.60.31832570.83899.4
2.8-2.933.60.24532330.87499.7
2.93-3.083.70.20532800.93699.9
3.08-3.273.70.14333030.92100
3.27-3.523.80.10532590.834100
3.52-3.883.80.0832810.768100
3.88-4.433.80.06332740.675100
4.43-5.573.80.05232960.777100
5.57-203.70.0733570.666100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
ADSCデータ収集
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3


解像度: 2.596→19.912 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1643 5.01 %Random Selection
Rwork0.1713 31139 --
obs0.1747 32782 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.97 Å2 / Biso mean: 35.0159 Å2 / Biso min: 4.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.596→19.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7440 0 20 37 7497
Biso mean--29.02 24.26 -
残基数----920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30310436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9362852
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4533X-RAY DIFFRACTION9.444TORSIONAL
12B4533X-RAY DIFFRACTION9.444TORSIONAL
13C4533X-RAY DIFFRACTION9.444TORSIONAL
14D4533X-RAY DIFFRACTION9.444TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5964-2.67260.30581270.21462409253692
2.6726-2.75860.33791350.22722578271399
2.7586-2.8570.31621370.205525802717100
2.857-2.9710.2821390.202826162755100
2.971-3.10570.27431400.204226052745100
3.1057-3.26880.28051350.194726302765100
3.2688-3.47260.28161350.1825632698100
3.4726-3.73910.21111380.16726372775100
3.7391-4.11240.22581370.154526062743100
4.1124-4.70060.1931380.135426222760100
4.7006-5.89660.1881420.139626172759100
5.8966-19.91280.20661400.16526762816100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.3263 Å / Origin y: -21.5212 Å / Origin z: 189.9641 Å
111213212223313233
T0.0439 Å2-0.0241 Å20.0006 Å2-0.0468 Å2-0.0247 Å2--0.0396 Å2
L0.0584 °20.003 °2-0.0115 °2-0.0343 °20.0022 °2--0.0372 °2
S0.051 Å °0.0325 Å °-0.0399 Å °0.002 Å °-0.0235 Å °-0.05 Å °-0.0126 Å °-0.0542 Å °0.0341 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA75 - 304
2X-RAY DIFFRACTION1allE262 - 265
3X-RAY DIFFRACTION1allB75 - 304
4X-RAY DIFFRACTION1allC75 - 304
5X-RAY DIFFRACTION1allD75 - 304
6X-RAY DIFFRACTION1allF5 - 76
7X-RAY DIFFRACTION1allG303 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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