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万見
- PDB-1mas: PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mas
タイトルPURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE
要素INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE / PURINE NUCLEOSIDASE / IU-NH
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine nucleosidase / inosine nucleosidase activity / uridine nucleosidase / uridine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / nucleotide metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase, conserved site / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family signature. / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Crithidia fasciculata (真核生物)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Degano, M. / Gopaul, D.N. / Scapin, G. / Schramm, V.L. / Sacchettini, J.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structure of the inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase from Crithidia fasciculata.
著者: Degano, M. / Gopaul, D.N. / Scapin, G. / Schramm, V.L. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Inosine-Uridine Nucleoside Hydrolase from Crithidia Fasciculata. Genetic Characterization, Crystallization, and Identification of Histidine 241 as a Catalytic Site Residue
著者: Gopaul, D.N. / Meyer, S.L. / Degano, M. / Sacchettini, J.C. / Schramm, V.L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Transition-State Analysis of Nucleoside Hydrolase from Crithidia Fasciculata
著者: Horenstein, B.A. / Parkin, D.W. / Estupinan, B. / Schramm, V.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Nucleoside Hydrolase from Crithidia Fasciculata
著者: Parkin, D.W. / Horenstein, B.A. / Abdulah, D.R. / Estupinan, B. / Schramm, V.L.
履歴
登録1995年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
B: INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4914
ポリマ－68,4132
非ポリマー782
水1,31573
1
A: INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
B: INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
B: INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9828
ポリマ－136,8264
非ポリマー1564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.840, 131.530, 90.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.3301, 0.943796, 0.016835), (0.943851, 0.329761, 0.020081), (0.0134, 0.022518, -0.999657)
ベクター: -0.14923, -1.24879, 59.80751)

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要素

#1: タンパク質 INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE / PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE / INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDASE / IU-NH


分子量: 34206.480 Da / 分子数: 2 / 変異: P2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / 遺伝子: IU-NH FROM C.FASCICULATA / プラスミド: PET3D-IUNH / 遺伝子 (発現宿主): IU-NH FROM C.FASCICULATA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27546, purine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
134 mg/mlprotein1drop
210 mMphosphate1drop
310 mMglycine1drop
4100 mMpotassium citrate1reservoir
58 %PEG40001reservoir
60.05 %sodium azide1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年1月24日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→99 Å / Num. obs: 25989 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
XENGENV. 2.1データ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→99 Å / σ(F): 2
詳細: TORSION ANGLES NOT RESTRAINED. MEAN B VALUE IS 28.07 ANGSTROMS**. X-PLOR ALSO WAS USED. THE MOLECULE DENOTED BY CHAIN IDENTIFIER B SUFFERS A HIGHER DEGREE OF DISORDER, AS JUDGED FROM THE ...詳細: TORSION ANGLES NOT RESTRAINED. MEAN B VALUE IS 28.07 ANGSTROMS**. X-PLOR ALSO WAS USED. THE MOLECULE DENOTED BY CHAIN IDENTIFIER B SUFFERS A HIGHER DEGREE OF DISORDER, AS JUDGED FROM THE TEMPERATURE FACTORS THAT ARE CONSIDERABLY HIGHER.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.17 --
obs-23135 89.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 2 73 4693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0161
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.029
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 1.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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