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- PDB-6ba0: Pyrimidine-specific Ribonucleoside Hydrolase from Gardnerella vag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ba0
タイトルPyrimidine-specific Ribonucleoside Hydrolase from Gardnerella vaginalis
要素Cytidine/uridine-specific hydrolase
キーワードHYDROLASE / Nucleoside hydrolase / Nitrogen metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds
類似検索 - 分子機能
Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytidine/uridine-specific hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Gardnerella vaginalis 315-A (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Renner, N. / Jacques, D.A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1036521 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pyrimidine-specific Ribonucleoside Hydrolase RihB from Gardnerella vaginalis
著者: Renner, N. / Jacques, D.A.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine/uridine-specific hydrolase
B: Cytidine/uridine-specific hydrolase
C: Cytidine/uridine-specific hydrolase
D: Cytidine/uridine-specific hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,18417
ポリマ－136,7044
非ポリマー47913
水15,529862
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area45470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.070, 79.360, 115.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 312 / Label seq-ID: 4 - 315

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Cytidine/uridine-specific hydrolase


分子量: 34176.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gardnerella vaginalis 315-A (バクテリア)
遺伝子: rihA, HMPREF9435_0920 / プラスミド: pOPTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: F5LUB1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M Sodium Acetate 0.2M Ammonium Sulfate 20% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→61.87 Å / Num. obs: 96089 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.213 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.066.60.94247010.6480.3871.02199.2
11.12-61.876.10.0766260.9950.0320.08298.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.03 Å48.79 Å
Translation2.03 Å48.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Blu-Iceデータ収集
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MAS

1mas


解像度: 2.03→61.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.209 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1741 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.151
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 4802 5 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
obs0.1879 91261 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.43 Å2 / Biso mean: 19.57 Å2 / Biso min: 6.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20.36 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→61.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9396 0 13 862 10271
Biso mean--34.89 23.9 -
残基数----1232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.96613132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.948320904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64251226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.19724.798396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.528151542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6451548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021742
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A198660.07
12B198660.07
21A194560.08
22C194560.08
31A193720.08
32D193720.08
41B196560.06
42C196560.06
51B196240.06
52D196240.06
61C197880.05
62D197880.05
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 377 -
Rwork0.253 6674 -
all-7051 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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