[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3mkn: Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleosidase YeiK bou... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mkn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleosidase YeiK bound to a competitive inhibitor | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein YeiK | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Pyrimidine nucleoside hydrolase / nucleotide metabolism / enzyme-inhibitor complex / metalloenzyme / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribosylpyrimidine nucleosidase / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / calcium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Garau, G. / Fornili, A. / Giabbai, B. / Degano, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2010 Title: Energy Landscapes Associated with Macromolecular Conformational Changes from Endpoint Structures Authors: Fornili, A. / Giabbai, B. / Garau, G. / Degano, M. #1: Journal: Structure / Year: 2004 Title: Crystal structure to 1.7 A of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy Authors: Giabbai, B. / Degano, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mkn.cif.gz | 476.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3mkn.ent.gz | 390.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mkn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mkn_validation.pdf.gz | 479.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3mkn_full_validation.pdf.gz | 497.1 KB | Display | |
Data in XML | 3mkn_validation.xml.gz | 50.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3mkn_validation.cif.gz | 71.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mkn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3mkmC 1q8fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 34044.125 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: YeiK / Plasmid: pET28-YeiK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: C3T3U2, ribosylpyrimidine nucleosidase #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-DNB / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | THE LIGAND 3,4-DIAMINOPHENYL-IMINORIBITOL (DAPIR) LABELED AS DNB IN THIS ENTRY CAN BEHAVIOR AS A ...THE LIGAND 3,4-DIAMINOPHE | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.75 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 45% PPG 500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2005 / Details: Silicon crystal |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45 Å / Num. all: 91924 / Num. obs: 91924 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 94.4 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1Q8F Resolution: 2→44.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.44 / SU ML: 0.096 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.134 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.102 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→44.97 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|