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- PDB-1yoe: Crystal structure of a the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yoe
タイトルCrystal structure of a the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YbeK with bound ribose
要素Hypothetical protein ybeK
キーワードHYDROLASE / Pyrimidine nucleoside hydrolase / bacterial nucleosidase / ribose / enzyme-product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosylpyrimidine nucleosidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding ...ribosylpyrimidine nucleosidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase, conserved site / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family signature. / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-ribofuranose / Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Muzzolini, L. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YbeK with bound ribose
著者: Muzzolini, L. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure to 1.7 a of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy
著者: Giabbai, B. / Degano, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure and function of a novel purine specific nucleoside hydrolase from Trypanosoma vivax
著者: Versees, W. / Decanniere, K. / Pelle, R. / Depoorter, J. / Brosens, E. / Parkin, D.W. / Steyaert, J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Trypanosomal nucleoside hydrolase. A novel mechanism from the structure with a transition-state inhibitor
著者: Degano, M. / Almo, S.C. / Sacchettini, J.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2005年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3183
ポリマ－35,1281
非ポリマー1902
水3,873215
1
A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,27312
ポリマ－140,5124
非ポリマー7618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
2
A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6376
ポリマ－70,2562
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area10290 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area41620 Å2
手法PISA
3
A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6376
ポリマ－70,2562
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area2640 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
4
A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybeK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,27312
ポリマ－140,5124
非ポリマー7618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.466, 84.062, 112.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ybeK


分子量: 35128.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybeK/rihA / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 / 参照: UniProt: P41409, ribosylpyrimidine nucleosidase
#2: 糖 ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: MPD, Sodium Acetate, ribose, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→25 Å / Num. all: 34056 / Num. obs: 34056 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2669 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: YeiK PDB code 1Q8F

1q8f


解像度: 1.78→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.818 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19276 1086 3.2 %RANDOM
Rwork0.16733 ---
all0.1681 34056 --
obs0.16811 34056 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.098 Å0.102 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2295 0 11 215 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.9753278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2755301
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0930.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it131516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74352467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8627883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.61810811
LS精密化 シェル解像度: 1.785→1.831 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 64 -
Rwork0.192 1826 -
obs-1826 75.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.433 Å / Origin y: 20.7639 Å / Origin z: 36.7434 Å
111213212223313233
T0.0052 Å2-0.0005 Å2-0.0056 Å2-0.0178 Å20.0012 Å2--0.0061 Å2
L0.1453 °20.0651 °20.0439 °2-0.3512 °20.0581 °2--0.1442 °2
S-0.0032 Å °0.0185 Å °0.0038 Å °-0.0295 Å °0.0249 Å °0.0211 Å °-0.0068 Å °0.0061 Å °-0.0217 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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