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- PDB-1y62: A 2.4 crystal structure of conkunitzin-S1, a novel Kunitz-fold co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y62
タイトルA 2.4 crystal structure of conkunitzin-S1, a novel Kunitz-fold cone snail neurotoxin.
要素Conkunitzin-S1
キーワードTOXIN / alpha helix / beta sheet / 310 helix / Kunitz fold
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type conkunitzin-S1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Dy, C.Y. / Buczek, P. / Horvath, M.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of conkunitzin-S1, a neurotoxin and Kunitz-fold disulfide variant from cone snail.
著者: Dy, C.Y. / Buczek, P. / Imperial, J.S. / Bulaj, G. / Horvath, M.P.
履歴
登録2004年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conkunitzin-S1
B: Conkunitzin-S1
C: Conkunitzin-S1
D: Conkunitzin-S1
E: Conkunitzin-S1
F: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,10921
ポリマ－41,6686
非ポリマー1,44115
水93752
1
A: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1373
ポリマ－6,9451
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3295
ポリマ－6,9451
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0412
ポリマ－6,9451
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2334
ポリマ－6,9451
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2334
ポリマ－6,9451
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Conkunitzin-S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1373
ポリマ－6,9451
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.756, 51.543, 51.600
Angle α, β, γ (deg.)119.92, 107.52, 91.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Each chain represents one biological unit.

-
要素

#1: タンパク質
Conkunitzin-S1


分子量: 6944.685 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this peptide occurs naturally in Conus striatus (cone snail). This peptide was synthesized in two parts and subsequently joined through native chemical ligation.
参照: UniProt: P0C1X2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG-400, ammonium sulfate, sodium azide, acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月18日 / 詳細: Nonius FR591 High brilliance
放射モノクロメーター: Osmic MaxFlux (Green) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 15511 / Num. obs: 15238 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.098
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1498 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble of the kunitz domains in 1DTX,1KNT, 2PTC and 1TFX

1dtx

1knt

2ptc

1tfx


解像度: 2.45→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 122859.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1208 7.9 %RANDOM, 8%
Rwork0.221 ---
all0.232 15511 --
obs0.232 15238 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.8714 Å2 / ksol: 0.4066 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2694 0 75 52 2821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0085
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.892.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.45-2.540.3271097.90.29692221149897.8
2.54-2.640.30031280.2661151798.7
2.64-2.760.31051150.2591151198.9
2.76-2.90.27371270.2382153299.2
2.9-3.080.28291260.2452152999
3.08-3.320.26351322222153499
3.32-3.650.27811130.2298153599
3.65-4.180.21021080.1999151199.3
4.18-5.250.21371270.1974154399.5
5.25-200.25751230.2582152899.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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