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万見
- PDB-1y2a: Structure of mammalian importin bound to the non-classical PLSCR1-NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y2a
タイトルStructure of mammalian importin bound to the non-classical PLSCR1-NLS
要素
  • Importin alpha-2 Subunit
  • decamer fragment of Phospholipid scramblase 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Armadillo repeat / protein:peptide complex / superhelix of helices
機能・相同性
機能・相同性情報


lead ion binding / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / positive regulation of chromosome separation / phosphatidylserine biosynthetic process / regulation of mast cell activation / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / response to interferon-beta / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / mercury ion binding / phospholipid scramblase activity ...lead ion binding / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / positive regulation of chromosome separation / phosphatidylserine biosynthetic process / regulation of mast cell activation / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / response to interferon-beta / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / mercury ion binding / phospholipid scramblase activity / Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of transcription by glucose / plasma membrane phospholipid scrambling / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / nuclease activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / CD4 receptor binding / positive regulation of innate immune response / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / epidermal growth factor receptor binding / NLS-bearing protein import into nucleus / negative regulation of viral genome replication / non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of type I interferon production / acute-phase response / platelet activation / SH3 domain binding / response to lead ion / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / virus receptor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor binding / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / postsynaptic density / membrane raft / hydrolase activity / apoptotic process / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / enzyme binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Scramblase / Scramblase / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...Scramblase / Scramblase / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid scramblase 1 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, M.-H. / Ben-Efraim, I. / Mitrousis, G. / Walker-Kopp, N. / Sims, P.J. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Phospholipid Scramblase 1 Contains a Nonclassical Nuclear Localization Signal with Unique Binding Site in Importin alpha
著者: Chen, M.-H. / Ben-Efraim, I. / Mitrousis, G. / Walker-Kopp, N. / Sims, P.J. / Cingolani, G.
履歴
登録2004年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Importin alpha-2 Subunit
P: decamer fragment of Phospholipid scramblase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5152
ポリマ－47,5152
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.239, 91.10, 97.247
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin alpha-2 Subunit / Karyopherin alpha-2 subunit / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1 / Pendulin / Pore targeting complex ...Karyopherin alpha-2 subunit / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / Importin alpha P1


分子量: 46386.055 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 70-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド decamer fragment of Phospholipid scramblase 1 / PL scramblase 1 / Ca2+ / -dependent phospholipid scramblase 1 / Erythrocyte phospholipid scramblase / MmTRA1b


分子量: 1129.332 Da / 分子数: 1 / 断片: NLS / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Homo sapiens, gene PLSCR1
参照: UniProt: O15162
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.358 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.6-0.7 M sodium citrate, 100 mM Hepes pH 6.0, 10 mM -mercaptoethonal, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 36323 / Num. obs: 33397 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 775 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 60.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3225 10 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.2887 ---
obs0.2306 32164 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 0 134 3441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.21 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 42 -
Rwork0.279 --
obs-349 60.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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