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- PDB-1xdu: Crystal structure of Aclacinomycin-10-hydroxylase (RdmB) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdu
タイトルCrystal structure of Aclacinomycin-10-hydroxylase (RdmB) in complex with Sinefungin (SFG)
要素Protein RdmB
キーワードTRANSFERASE / Anthracycline / hydroxylase / S-adenosyl-L-methionine analogue / sinefungin / streptomyces / polyketide antibiotics / divergent evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1350 / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Helix Hairpins - #1350 / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / SINEFUNGIN / Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces purpurascens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jansson, A. / Koskiniemi, H. / Erola, A. / Wang, J. / Mantsala, P. / Schneider, G. / Niemi, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Aclacinomycin 10-Hydroxylase Is a Novel Substrate-assisted Hydroxylase Requiring S-Adenosyl-L-methionine as Cofactor
著者: Jansson, A. / Koskiniemi, H. / Erola, A. / Wang, J. / Schneider, G. / Niemi, J.
履歴
登録2004年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein RdmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6073
ポリマ－40,1661
非ポリマー4402
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein RdmB
ヘテロ分子

A: Protein RdmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2136
ポリマ－80,3322
非ポリマー8814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area7380 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.758, 86.813, 117.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein RdmB


分子量: 40166.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア)
遺伝子: rdmb / プラスミド: pRDM16 from pGEX4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54527
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium acetate, PEG 4000, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→58.7 Å / Num. all: 8940 / Num. obs: 8940 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.82 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RdmB+SAM complex

解像度: 2.7→58.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 16.587 / SU ML: 0.343 / Isotropic thermal model: Isotropic B-factors for each atom / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.451 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29513 419 4.7 %RANDOM
Rwork0.22742 ---
obs0.23059 8521 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.176 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å20 Å20 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→58.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 31 26 2627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9883580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81835719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6165337
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.22829
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21599
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5111.51689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97322676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9893942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8524.5904
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.426 30
Rwork0.264 614

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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