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万見
- PDB-4tzu: Crystal Structure of Murine Cereblon in Complex with Pomalidomide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzu
タイトルCrystal Structure of Murine Cereblon in Complex with Pomalidomide
要素Protein cereblon
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / DCAF
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / perinuclear region of cytoplasm ...negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain ...Peptide methionine sulfoxide reductase. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Pomalidomide / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Chamberlain, P.P. / Pagarigan, B. / Delker, S. / Leon, B.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural Basis for Responsiveness to Thalidomide-Analog Drugs Defined by the Crystal Structure of the Human Cereblon:DDB1:Lenalidomide Complex
著者: Chamberlain, P.P. / Wang, M. / Riley, M. / Delker, S. / Ito, T. / Hideki, A. / Mori, T. / Handa, H. / Hakoshima, T. / Daniel, T.O. / Cathers, B.E. / Lopez-Girona, A. / Miller, K. / Carmel, G. ...著者: Chamberlain, P.P. / Wang, M. / Riley, M. / Delker, S. / Ito, T. / Hideki, A. / Mori, T. / Handa, H. / Hakoshima, T. / Daniel, T.O. / Cathers, B.E. / Lopez-Girona, A. / Miller, K. / Carmel, G. / Pagarigan, B. / Leon, B. / Rychak, E. / Corral, L. / Ren, Y.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site_anisotrop / citation ...atom_site_anisotrop / citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: Protein cereblon
C: Protein cereblon
D: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,45920
ポリマ－48,3364
非ポリマー2,12316
水3,261181
1
A: Protein cereblon
B: Protein cereblon
D: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,84415
ポリマ－36,2523
非ポリマー1,59212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
2
C: Protein cereblon
ヘテロ分子

C: Protein cereblon
ヘテロ分子

C: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,84415
ポリマ－36,2523
非ポリマー1,59212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_445-z-1,-x-1,y1
crystal symmetry operation10_454-y-1,z,-x-11
Buried area4970 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.340, 143.340, 143.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-610-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22B
13D
23C
14A
24B
15A
25C
16B
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPRODD321 - 4261 - 106
21PROPROAA321 - 4261 - 106
12LEULEUDD321 - 4251 - 105
22LEULEUBB321 - 4251 - 105
13PROPRODD321 - 4261 - 106
23PROPROCC321 - 4261 - 106
14LEULEUAA321 - 4251 - 105
24LEULEUBB321 - 4251 - 105
15PROPROAA321 - 4261 - 106
25PROPROCC321 - 4261 - 106
16LEULEUBB321 - 4251 - 105
26LEULEUCC321 - 4251 - 105

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Protein cereblon / Protein PiL


分子量: 12083.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crbn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C7D2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-Y70 / S-Pomalidomide / 2-[(3S)-2,6-ジオキソ-3-ピペリジニル]-4-アミノイソインドリン-1,3-ジオン


分子量: 273.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N3O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100mM Sodium Acetate pH5, 600-800mM Ammonium Sulfate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→101.357 Å / Num. all: 30305 / Num. obs: 30305 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.9 % / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 2.99 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 88108
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.112.90.2042.11296844130.1340.2045.492.4
2.11-2.2430.1414.41234241760.0910.141792.8
2.24-2.392.90.1670.91141639180.1210.1678.592.2
2.39-2.582.90.0896.51087637050.0590.0899.793.4
2.58-2.832.90.0742.9978533940.0510.07411.393.1
2.83-3.162.90.0589.7885130550.0380.05812.892.8
3.16-3.652.80.0647.9771527310.0410.06413.692.8
3.65-4.472.70.0635.6616622430.0430.06313.990.9
4.47-6.322.90.0545512417370.0360.05414.389.9
6.32-41.3793.10.0962.828659330.0660.09614.386.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.668 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.1956 28750 --
obs0.1979 30286 91.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.65 Å2 / Biso mean: 22.241 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2851 0 124 181 3156
Biso mean--37.04 35.64 -
残基数----361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9314153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg17.0695355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.53123.905105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67915515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.686158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.0212180
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D1210.06
12A1210.06
21D1160.07
22B1160.07
31D1120.06
32C1120.06
41A1200.07
42B1200.07
51A1200.06
52C1200.06
61B1160.05
62C1160.05
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 111 -
Rwork0.196 2036 -
all-2147 -
obs--91.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0366-1.0859-0.3181.23330.45281.52930.0287-0.0670.0883-0.06870.1421-0.0696-0.02440.0587-0.17090.04410.0217-0.00260.0613-0.030.0426-54.6516-43.2209-9.1362
21.3609-0.78510.69411.17660.1631.89030.14340.0596-0.0559-0.1342-0.0514-0.07630.08550.1629-0.0920.09730.0656-0.03450.0567-0.02220.0457-43.1673-61.854-17.2054
31.1560.00540.47061.45980.16642.01980.0510.2229-0.0854-0.1759-0.09770.25630.18480.09790.04670.09840.0354-0.08060.0849-0.05750.1052-62.7073-54.8741-27.4069
42.1972-0.09391.04052.85850.10232.2728-0.0824-0.1918-0.12450.12420.0367-0.2250.05490.15550.04570.05080.0048-0.05410.12510.08010.1277-82.0343-54.6468-42.6005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D321 - 426
2X-RAY DIFFRACTION2A321 - 426
3X-RAY DIFFRACTION3B321 - 427
4X-RAY DIFFRACTION4C321 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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