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- PDB-4p94: The crystal structure of the soluble domain of Sulfolobus acidoca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p94
タイトルThe crystal structure of the soluble domain of Sulfolobus acidocaldarius FlaF (residues 35-164)
要素Conserved flagellar protein F
キーワードMOTOR PROTEIN / Immunoglobulin-like beta-sandwich
機能・相同性: / Conserved flagellar protein F, immunoglobulin-like domain / identical protein binding / membrane / Conserved flagellar protein F
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Tsai, C.-L. / Arvai, A.S. / Ishida, J.P. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: FlaF Is a beta-Sandwich Protein that Anchors the Archaellum in the Archaeal Cell Envelope by Binding the S-Layer Protein.
著者: Banerjee, A. / Tsai, C.L. / Chaudhury, P. / Tripp, P. / Arvai, A.S. / Ishida, J.P. / Tainer, J.A. / Albers, S.V.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved flagellar protein F
B: Conserved flagellar protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5213
ポリマ－32,4982
非ポリマー231
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.257, 127.257, 127.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-357-

HOH

21A-405-

HOH

31B-217-

HOH

41B-223-

HOH

51B-230-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Conserved flagellar protein F


分子量: 16248.860 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-164 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: Saci_1175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9K8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→44.96 Å / Num. obs: 52512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.9 % / Biso Wilson estimate: 21.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 33.6 / Num. measured all: 1992238 / Scaling rejects: 45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
1.52-1.55300.022842.47773225930.425100
8.33-44.9656.30.036127.7200473560.00599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LIO

4lio
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.651→44.96 Å / FOM work R set: 0.872 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 2067 5.02 %
Rwork0.1727 39080 -
obs0.174 41147 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.21 Å2 / Biso mean: 24.41 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.651→44.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 1 234 2161
Biso mean--37.64 32.09 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0622779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.698711
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.651-1.68930.24271450.210325762721
1.6893-1.73150.22821480.204525782726
1.7315-1.77830.23391610.198625762737
1.7783-1.83070.2331370.198225512688
1.8307-1.88980.23511270.20826002727
1.8898-1.95730.25421280.222626062734
1.9573-2.03570.22221310.186425932724
2.0357-2.12830.20691510.17225762727
2.1283-2.24050.23611330.189226182751
2.2405-2.38090.22821340.201125742708
2.3809-2.56470.22761350.19226322767
2.5647-2.82280.22271300.196126122742
2.8228-3.23110.19161320.183726092741
3.2311-4.07050.18141500.144526452795
4.0705-45.00880.14091250.129327342859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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