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万見
- PDB-1wzb: Crystal structure of the collagen triple helix model [{HYP(R)-HYP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wzb
タイトルCrystal structure of the collagen triple helix model [{HYP(R)-HYP(R)-GLY}10]3
要素Collagen triple helix
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen stability / puckering / amino acid-preferences / triple helix
機能・相同性Saimiri transformation-associated protein / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / membrane / Saimiri transformation-associated protein
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kawahara, K. / Nakamura, S. / Nishi, Y. / Uchiyama, S. / Nishiuchi, Y. / Nakazawa, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Effect of hydration on the stability of the collagen-like triple-helical structure of [4(R)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolylglycine]10
著者: Kawahara, K. / Nishi, Y. / Nakamura, S. / Uchiyama, S. / Nishiuchi, Y. / Nakazawa, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.
履歴
登録2005年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen triple helix
B: Collagen triple helix
C: Collagen triple helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5523
ポリマ－8,5523
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area5080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)18.405, 19.113, 90.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen triple helix


分子量: 2850.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized / 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: HHG from 23.0 mg/ml peptide solution, 20% PEG 4000, 20% isopropanol, 0.2M Tris HCL buffer, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→30.24 Å / Num. obs: 10316 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.05 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Mean I/σ(I) obs: 15.8 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CLYSTALCLEAR VER1.35データ収集
CLYSTALCLEAR VER1.35データ削減
ARP/wARPモデル構築
REFMAC精密化
CrystalClearV. 1.35 (MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClearV. 1.35 (MSC/RIGAKU)データスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K6F

1k6f


解像度: 1.5→9.99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20051 498 4.8 %RANDOM
Rwork0.16991 ---
all0.188 10271 --
obs0.17152 9772 98.22 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.381 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数590 0 0 177 767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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