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- PDB-1wl9: Structure of aminopeptidase P from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wl9
タイトルStructure of aminopeptidase P from E. coli
要素Xaa-Pro aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Proline-specific peptidase / metalloenzyme / pita-bread fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xaa-Pro aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural and functional implications of metal ion selection in aminopeptidase p, a metalloprotease with a dinuclear metal center
著者: Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2004年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2005年8月16日ID: 1AZ9
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn ...pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9054
ポリマ－49,7601
非ポリマー1453
水10,935607
1
A: Xaa-Pro aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Pro aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Pro aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,62216
ポリマ－199,0404
非ポリマー58112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
単位格子
Length a, b, c (Å)177.420, 177.420, 96.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1539-

HOH

詳細The biological assembly is a homotetramer generated by the symmetry operatiors: (x,y,z), (1-x,1-y,z), (y,x,4/3-z), (1-y,1-x,4/3-z)

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要素

#1: タンパク質 Xaa-Pro aminopeptidase / Aminopeptidase P / X-Pro aminopeptidase / Aminopeptidase P II / APP-II / Aminoacylproline aminopeptidase


分子量: 49760.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PEPP / プラスミド: pPL670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P15034, Xaa-Pro aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Tris, PEG 4k, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月3日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 65584 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.69 / % possible all: 63.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Published hexagonal structure without Mn or solvent atoms

解像度: 1.9→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.376 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17047 1991 3 %RANDOM
Rwork0.15185 ---
all0.15243 ---
obs0.15243 63537 93.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3500 0 3 607 4110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9564855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82937539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0425439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.87723.71186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87615612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0351533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.23383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.48122842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5952898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.81533523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63521601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.00631332
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 104 -
Rwork0.235 3053 -
obs--61.6 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 64.821 Å / Origin y: 58.322 Å / Origin z: 49.737 Å
111213212223313233
T0.0065 Å20.0189 Å20.0055 Å2-0.0293 Å20.0008 Å2--0.0268 Å2
L0.1686 °2-0.1389 °20.0612 °2-0.3119 °2-0.0808 °2--0.3886 °2
S-0.0193 Å °0.0402 Å °0.0087 Å °0.0152 Å °-0.0274 Å °0.0214 Å °0.0533 Å °0.0114 Å °0.0467 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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