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- PDB-1wbq: ZnMg substituted aminopeptidase P from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wbq
タイトルZnMg substituted aminopeptidase P from E. coli
要素XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / PROLINE-SPECIFIC PEPTIDASE / METALLOENZYME / PITA-BREAD FOLD / DINUCLEAR HYDROLASE / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xaa-Pro aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural and Functional Implications of Metal Ion Selection in Aminopeptidase P, a Metalloprotease with a Dinuclear Metal Center.
著者: Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2004年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
C: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
D: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,71818
ポリマ－199,1684
非ポリマー54914
水14,988832
1
A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,71818
ポリマ－199,1684
非ポリマー54914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
2
C: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
D: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子

C: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
D: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,71818
ポリマ－199,1684
非ポリマー54914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.974, 236.703, 137.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2021-

HOH

21D-2125-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A6 - 51
2112B6 - 51
3112C6 - 51
4112D6 - 51
1214A52 - 54
2214B52 - 54
3214C52 - 54
4214D52 - 54
1312A55 - 145
2312B55 - 145
3312C55 - 145
4312D55 - 145
1412A147 - 184
2412B147 - 184
3412C147 - 184
4412D147 - 184
1512A186 - 251
2512B186 - 251
3512C186 - 251
4512D186 - 251
1612A254 - 280
2612B254 - 280
3612C254 - 280
4612D254 - 280
1712A282 - 286
2712B282 - 286
3712C282 - 286
4712D282 - 286
1812A288 - 301
2812B288 - 301
3812C288 - 301
4812D288 - 301
1912A306 - 315
2912B306 - 315
3912C306 - 315
4912D306 - 315
11012A317 - 326
21012B317 - 326
31012C317 - 326
41012D317 - 326
11112A328 - 344
21112B328 - 344
31112C328 - 344
41112D328 - 344
11212A346 - 392
21212B346 - 392
31212C346 - 392
41212D346 - 392
11312A400 - 412
21312B400 - 412
31312C400 - 412
41312D400 - 412
11412A418 - 426
21412B418 - 426
31412C418 - 426
41412D418 - 426
11512A430 - 440
21512B430 - 440
31512C430 - 440
41512D430 - 440
詳細AMINOPEPTIDASE P IS A HOMOTETRAMER IN SOLUTION.

-
要素

#1: タンパク質
XAA-PRO AMINOPEPTIDASE / X-PRO AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P II / APP-II / AMINOACYLPROLINE AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P


分子量: 49792.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PPL670 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P15034, Xaa-Pro aminopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: RELEASE OF ANY N-TERMINAL AMINO ACID, INCLUDING PROLINE, THAT IS LINKED WITH ...CATALYTIC ACTIVITY: RELEASE OF ANY N-TERMINAL AMINO ACID, INCLUDING PROLINE, THAT IS LINKED WITH PROLINE, EVEN FROM A DIPEPTIDE OR TRIPEPTIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.2 %
解説: STARTING MODEL WAS A TETRAMER OF 1WL9 GENERATED BY CRYSTALLOGRAPHIC OPERATORS STRIPPED OF ANY MULTIPLE CONFORMERS OR HETERO COMPOUNDS
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: ROOM TEMPERATURE HANGING DROP WITH 16% PEG4K, 0.1 M TRIS (PH8.3), 0.2 M MGCL2. CRYOPROTECTED WITH 10-15% MPD., pH 8.30

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月21日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.97 Å / Num. obs: 150167 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 35.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.62
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WL9

1wl9


解像度: 2.3→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.877 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 7512 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 142654 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20 Å20.94 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13964 0 14 832 14810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02214256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.95519318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.763329995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70651753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32723.571728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.294152421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.93315132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.22105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.212873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.26848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.28287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5729428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.238314038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.15646012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.24665280
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2370tight positional0.030.05
2B2370tight positional0.030.05
3C2370tight positional0.020.05
4D2370tight positional0.030.05
1A3778medium positional0.130.5
2B3778medium positional0.120.5
3C3778medium positional0.130.5
4D3778medium positional0.130.5
1A2370tight thermal0.070.5
2B2370tight thermal0.080.5
3C2370tight thermal0.060.5
4D2370tight thermal0.080.5
1A3778medium thermal0.532
2B3778medium thermal0.522
3C3778medium thermal0.462
4D3778medium thermal0.512
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.261 522
Rwork0.232 10283
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8917-0.1838-0.68310.66730.30141.8511-0.0574-0.1495-0.02280.05390.0421-0.20690.12060.42040.0152-0.04590.01920.00040.0164-0.0023-0.0086.3067-15.976515.9723
20.86560.1873-0.57580.98070.34711.2633-0.10170.1634-0.0001-0.117-0.02220.21180.1377-0.25350.1239-0.0979-0.067-0.0236-0.0023-0.0079-0.0203-28.8913-13.547628.4646
30.74810.1681-0.22230.5658-0.22211.8419-0.01260.1-0.0153-0.09060.01630.14360.0634-0.292-0.0037-0.0985-0.0182-0.0455-0.04840.0026-0.0968-15.238715.87797.9695
40.3646-0.04080.09260.7536-0.40090.73070.0062-0.0311-0.01670.0459-0.0465-0.0647-0.10930.06430.0403-0.137-0.0165-0.0298-0.07470.0019-0.12033.335613.791540.304
50.54550.0326-0.04661.8496-0.00121.1073-0.0257-0.07690.03010.3288-0.0059-0.21460.30640.29260.03160.13810.039-0.0152-0.0151-0.0123-0.0471-3.00255.75454.9615
60.71220.0541-0.36541.3546-0.2532.4226-0.15520.0479-0.10560.0509-0.04830.45040.9223-0.62270.20350.556-0.24310.16620.0532-0.12250.134-30.743231.828647.4739
70.6119-0.134-0.11191.98140.6551.2447-0.0740.1064-0.0584-0.0777-0.05940.4090.0928-0.19930.1335-0.1116-0.0433-0.0282-0.0449-0.04820.0179-24.781.279447.3098
80.73410.19980.12550.72510.40260.7088-0.08680.04290.009-0.08410.1155-0.0513-0.02490.0945-0.0288-0.1602-0.0216-0.0216-0.0812-0.0145-0.07961.5427105.279958.8102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2A173 - 440
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4B173 - 439
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6C173 - 439
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 172
8X-RAY DIFFRACTION8D173 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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