PDB-1w7v: ZnMg substituted aminopeptidase P from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w7v

タイトル

ZnMg substituted aminopeptidase P from E. coli

要素

PEPTIDE VAL-PRO-LEU
XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

キーワード

HYDROLASE / PROLINE-SPECIFIC PEPTIDASE / METALLOENZYME / PITA-BREAD FOLD / DINUCLEAR HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural and Functional Implications of Metal Ion Selection in Aminopeptidase P, a Metalloprotease with a Dinuclear Metal Center.
著者: Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.

履歴

登録	2004年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年10月9日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w7v.cif.gz	378.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w7v.ent.gz	308.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w2mC 1wbqC 1wl6C 1wl9SC 1wlrC 2bh3C 2bhaC 2bhbC 2bhcC 2bhdC 2bn7C 1a16 1jaw 1m35 1n51 2bws 2bwt 2bwu 2bwv 2bww 2bwx 2bwy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bwy-1 1wl6-1 2bn7-1 1w2m-1 2bh3-1 2bww-1 2bhd-1 2bhb-1 2bha-1 1wbq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

B: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

C: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

D: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

E: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

F: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

G: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

H: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

ヘテロ分子

201 kDa, 8 ポリマー
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1

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

B: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

E: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

F: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

ヘテロ分子

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

B: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

E: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

F: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
201 kDa, 8 ポリマー
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2

C: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

D: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

G: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

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ヘテロ分子

C: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

D: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE

G: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

H: PEPTIDE VAL-PRO-LEU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
201 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.731, 236.527, 137.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2026- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	6 - 145
2	1	1	2	B	6 - 145
3	1	1	2	C	6 - 145
4	1	1	2	D	6 - 145
1	2	1	2	A	147 - 184
2	2	1	2	B	147 - 184
3	2	1	2	C	147 - 184
4	2	1	2	D	147 - 184
1	3	1	2	A	186 - 251
2	3	1	2	B	186 - 251
3	3	1	2	C	186 - 251
4	3	1	2	D	186 - 251
1	4	1	2	A	254 - 280
2	4	1	2	B	254 - 280
3	4	1	2	C	254 - 280
4	4	1	2	D	254 - 280
1	5	1	2	A	282 - 286
2	5	1	2	B	282 - 286
3	5	1	2	C	282 - 286
4	5	1	2	D	282 - 286
1	6	1	2	A	288 - 301
2	6	1	2	B	288 - 301
3	6	1	2	C	288 - 301
4	6	1	2	D	288 - 301
1	7	1	2	A	306 - 315
2	7	1	2	B	306 - 315
3	7	1	2	C	306 - 315
4	7	1	2	D	306 - 315
1	8	1	2	A	317 - 326
2	8	1	2	B	317 - 326
3	8	1	2	C	317 - 326
4	8	1	2	D	317 - 326
1	9	1	2	A	328 - 392
2	9	1	2	B	328 - 392
3	9	1	2	C	328 - 392
4	9	1	2	D	328 - 392
1	10	1	2	A	400 - 412
2	10	1	2	B	400 - 412
3	10	1	2	C	400 - 412
4	10	1	2	D	400 - 412
1	11	1	2	A	418 - 426
2	11	1	2	B	418 - 426
3	11	1	2	C	418 - 426
4	11	1	2	D	418 - 426
1	12	1	2	A	430 - 440
2	12	1	2	B	430 - 440
3	12	1	2	C	430 - 440
4	12	1	2	D	430 - 440

詳細

AMINOPEPTIDASE P IS A HOMOTETRAMER IN SOLUTION. HOWEVER,SINCE IN THIS ENTRY, EACH CHAIN OF THIS PROTEIN IS INCOMPLEX WITH A TRIPEPTIDE , THIS ENTRY IS CLASSIFIEDAS A HETEROOCTAMER.

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	XAA-PRO AMINOPEPTIDASE / X-PRO AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P II / APP-II / AMINOACYLPROLINE AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P 分子量: 49792.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: AN1459 / プラスミド: PPL670 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P15034, Xaa-Pro aminopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド	PEPTIDE VAL-PRO-LEU 分子量: 327.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE VAL-PRO-LEU (10 MM) WAS SOAKED INTO THE CRYSTALS. THE PEPTIDE WAS CLEAVED BY AMINOPEPTIDASE P, BUT ONE OF THE PRODUCTS (PRO-LEU) REMAINED VISIBLE IN THE ACTIVE SITE 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

XAA-PRO AMINOPEPTIDASE / X-PRO AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P II / APP-II / AMINOACYLPROLINE AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P

分子量: 49792.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: AN1459 / プラスミド: PPL670 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P15034, Xaa-Pro aminopeptidase

#2: タンパク質・ペプチド

PEPTIDE VAL-PRO-LEU

分子量: 327.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE VAL-PRO-LEU (10 MM) WAS SOAKED INTO THE CRYSTALS. THE PEPTIDE WAS CLEAVED BY AMINOPEPTIDASE P, BUT ONE OF THE PRODUCTS (PRO-LEU) REMAINED VISIBLE IN THE ACTIVE SITE
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 1108分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1094 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	CATALYSES THE RELEASE OF ANY N-TERMINAL AMINO ACID, INCLUDING PROLINE, THAT IS LINKED WITH PROLINE, ...CATALYSES THE RELEASE OF ANY N-TERMINAL AMINO ACID, INCLUDING PROLINE, THAT IS LINKED WITH PROLINE, EVEN FROM A DIPEPTIDE OR TRIPEPTIDE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.8 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: ROOM TEMPERATURE HANGING DROP WITH 16% PEG4K, 0.1 M TRIS (PH8.3), 0.2 M MGCL2. TRANSFERRED TO A DROP ABOVE CONDITIONS PLUS WITH 10 MM VAL-PRO-LEU PEPTIDE AND ALLOWED TO EQUILIBRATE OVERNIGHT., pH 8.30

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.28171
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28171 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. obs: 225729 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WL9 WITH ALL HET ATOMS, WATERS AND MULTIPLE CONFORMERS REMOVED

1wl9

解像度: 2→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 5.503 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY WAS AVAILABLE TO ALLOW COMPLETE MODELLING OF THE RESIDUES A440, B439, B440, C439, C440, D439, D440. RESIDUES ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	11297	5 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
obs	0.157	214328	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.04 Å²	0 Å²	1.44 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14028	0	14	1094	15136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	14372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.106	1.958	19455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.762	3	30336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.501	5	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.13	23.442	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.084	15	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.981	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	12601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	6881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	7796
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.189	2	9497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.689	3	14113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.879	4	6075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.978	6	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2393	tight positional	0.04	0.05
2	B	2393	tight positional	0.03	0.05
3	C	2393	tight positional	0.03	0.05
4	D	2393	tight positional	0.03	0.05
1	A	3805	medium positional	0.12	0.5
2	B	3805	medium positional	0.12	0.5
3	C	3805	medium positional	0.13	0.5
4	D	3805	medium positional	0.12	0.5
1	A	2393	tight thermal	0.09	0.5
2	B	2393	tight thermal	0.1	0.5
3	C	2393	tight thermal	0.08	0.5
4	D	2393	tight thermal	0.1	0.5
1	A	3805	medium thermal	0.5	2
2	B	3805	medium thermal	0.52	2
3	C	3805	medium thermal	0.43	2
4	D	3805	medium thermal	0.51	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.252	811
R_work	0.23	15626

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9052	-0.2848	-0.6192	0.8533	0.4629	1.673	-0.0702	-0.1073	-0.0305	0.0293	0.0518	-0.2297	0.177	0.3603	0.0184	-0.0436	0.0292	0.0029	0.0162	0.0094	0.0086	6.207	-16.006	16.033
2	0.8999	0.2268	-0.6121	1.0258	0.2802	1.2632	-0.1164	0.1453	-0.0186	-0.0884	-0.0201	0.2234	0.1561	-0.2601	0.1365	-0.0908	-0.064	-0.0213	0.0074	-0.013	0.0038	-29.051	-13.608	28.415
3	0.6845	0.1835	-0.2363	0.494	-0.2753	1.6477	-0.0112	0.1285	0.0096	-0.1282	0.0284	0.1324	0.0484	-0.2635	-0.0172	-0.0809	-0.0105	-0.0563	-0.0281	0.0009	-0.0759	-15.289	15.832	7.903
4	0.3798	-0.0106	0.0614	0.7074	-0.3315	0.8275	-0.0023	-0.0454	-0.021	0.0491	-0.0424	-0.0747	-0.1202	0.0751	0.0447	-0.1191	-0.0161	-0.0437	-0.0666	0.0078	-0.0951	3.102	13.811	40.363
5	0.6616	0.0781	-0.0733	1.8763	-0.2131	1.4383	-0.0213	-0.0933	0.0458	0.2668	-0.0531	-0.1794	0.2943	0.329	0.0745	0.131	0.0528	-0.01	-0.0149	-0.0067	-0.0241	-3.303	55.681	55.039
6	0.5529	0.0715	-0.4716	1.3916	-0.2467	2.6384	-0.1838	0.1079	-0.0924	0.0244	-0.0635	0.4509	1.0774	-0.6402	0.2473	0.6444	-0.2701	0.1559	0.0501	-0.1298	0.1532	-31.042	31.769	47.53
7	0.6945	-0.0609	-0.1137	1.7654	0.6117	1.0771	-0.0712	0.0876	-0.0925	-0.1091	-0.0471	0.3537	0.1157	-0.1824	0.1183	-0.0921	-0.045	-0.0433	-0.0351	-0.0452	0.0273	-24.997	81.204	47.371
8	0.6876	0.2228	0.1566	0.7871	0.3919	0.6546	-0.0849	0.0358	0.0077	-0.0838	0.1199	-0.0564	-0.0351	0.0956	-0.035	-0.1472	-0.026	-0.0303	-0.0528	-0.0198	-0.0582	1.242	105.198	58.845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	173 - 440
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	173 - 439
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	173 - 439
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	173 - 439

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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