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- PDB-1vyt: beta3 subunit complexed with aid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyt
タイトルbeta3 subunit complexed with aid
要素
  • CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT
  • VOLTAGE-DEPENDENT L-TYPE CALCIUM CHANNEL ALPHA-1C SUBUNIT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION TRANSPORT-COMPLEX / CALCIUM CHANNEL BETA SUBUNIT / AID DOAMIN / ION TRANSPORT / IONIC CHANNEL / VOLTAGE-GATED CHANNEL / SH3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell communication involved in cardiac conduction / negative regulation of detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / caveolar macromolecular signaling complex / positive regulation of membrane depolarization / regulation of membrane hyperpolarization / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / growth hormone secretion / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential ...cell communication involved in cardiac conduction / negative regulation of detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / caveolar macromolecular signaling complex / positive regulation of membrane depolarization / regulation of membrane hyperpolarization / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / growth hormone secretion / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / immune system development / Regulation of insulin secretion / positive regulation of adenylate cyclase activity / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of membrane repolarization during action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during AV node cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / corpus callosum development / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / calcium-ion regulated exocytosis / smooth muscle contraction involved in micturition / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of organ growth / optic nerve development / camera-type eye development / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion import / calcium ion transport into cytosol / response to alcohol / adult walking behavior / insulin secretion / voltage-gated calcium channel complex / axon development / alpha-actinin binding / exocytosis / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / smooth muscle contraction / positive regulation of protein targeting to membrane / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated calcium channel activity / translation initiation factor binding / T-tubule / protein phosphatase 2A binding / dendritic shaft / protein localization to plasma membrane / calcium channel regulator activity / response to nutrient levels / establishment of localization in cell / sarcolemma / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / visual learning / positive regulation of insulin secretion / cerebral cortex development / regulation of blood pressure / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / glucose homeostasis / T cell receptor signaling pathway / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / presynaptic membrane / perikaryon / cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / calmodulin binding / postsynaptic density / apical plasma membrane / axon / protein domain specific binding / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein kinase binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, Y.-H. / Li, M.-H. / Zhang, Y. / He, L.-L. / Yamada, Y. / Fitzmaurice, A. / Yang, S. / Zhang, H. / Tong, L. / Yang, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of the Alpha(1)-Beta Subunit Interaction of Voltage-Gated Ca(2+) Channels
著者: Chen, Y.-H. / Li, M.-H. / Zhang, Y. / He, L.-L. / Yamada, Y. / Fitzmaurice, A. / Shen, Y. / Zhang, H. / Tong, L. / Yang, J.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT
B: CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT
E: VOLTAGE-DEPENDENT L-TYPE CALCIUM CHANNEL ALPHA-1C SUBUNIT
F: VOLTAGE-DEPENDENT L-TYPE CALCIUM CHANNEL ALPHA-1C SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1534
ポリマ－85,1534
非ポリマー00
水1,38777
1
A: CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT
E: VOLTAGE-DEPENDENT L-TYPE CALCIUM CHANNEL ALPHA-1C SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5762
ポリマ－42,5762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT
F: VOLTAGE-DEPENDENT L-TYPE CALCIUM CHANNEL ALPHA-1C SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5762
ポリマ－42,5762
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)252.300, 69.000, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AN INTERMOLECULAR DISULFIDE LINKAGE (A71CYS - B71CYS) ISLIKELY FORMED IN THE CRYSTAL PACKING DURING THECRYSTALLIZATION EXPERIMENT

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT / CAB3 / VOLTAGE-DEPENDENT CALCIUM CHANNEL BETA-3 SUBUNIT


分子量: 39494.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54287
#2: タンパク質・ペプチド VOLTAGE-DEPENDENT L-TYPE CALCIUM CHANNEL ALPHA-1C SUBUNIT / CALCIUM CHANNEL L TYPE ALPHA-1 POLYPEPTIDE ISOFORM 1 FROM CARDIAC MUSCLE / RAT BRAIN CLASS C


分子量: 3081.388 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 452-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22002
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE BETA SUBUNIT OF VOLTAGE-DEPENDENT CALCIUM CHANNELS CONTRIBUTES TO THE FUNCTION OF THE CALCIUM ...THE BETA SUBUNIT OF VOLTAGE-DEPENDENT CALCIUM CHANNELS CONTRIBUTES TO THE FUNCTION OF THE CALCIUM CHANNEL BY INCREASING PEAK CALCIUM CURRENT, SHIFTING THE VOLTAGE DEPENDENCIES OF ACTIVATION AND INACTIVATION.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 8 / 詳細: TRIS-HCL PH 8.0, 150 MM MGCL2, 15 PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9202
検出器日付: 2004年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 32147 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GCOMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VYU

1vyu


解像度: 2.6→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 --
Rwork0.231 --
obs0.231 32147 96 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4885 0 0 77 4962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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