PDB-1uwg: Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uwg

タイトル

Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon in Catalytic Antibody 14D9

要素

(ANTIBODY 14D9) x 2

キーワード

ANTIBODY / CATALYTIC ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-KHA / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Baumann, U. / Reymond, J.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon in Catalytic Antibody 14D9
著者: Zheng, L. / Baumannn, U. / Reymond, J.L.

履歴

登録	2004年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2016年11月30日	Group: Derived calculations / Other
改定 1.3	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb1uwg.ent.gz	134.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1uwg_validation.pdf.gz	501.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1uwg_full_validation.pdf.gz	534.6 KB	表示
XML形式データ	1uwg_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	1uwg_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uweC 1d5iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y49-d 4hdi-2 6ug8-d 6arp-1 6mef-d 6df2-2 4dn3-d 2xkn-2 6eyn-2 2uyl-2 5t78-1 4r7d-1 5w6c-d 6df2-1 5gz0-2 5w24-d 1e6o-d 4msw-1 4dvb-1 2v7h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: ANTIBODY 14D9

L: ANTIBODY 14D9

X: ANTIBODY 14D9

Y: ANTIBODY 14D9

ヘテロ分子

95.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: ANTIBODY 14D9

L: ANTIBODY 14D9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: ANTIBODY 14D9

Y: ANTIBODY 14D9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.470, 97.920, 70.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	X
1	2	H
2	2	Y

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	L	B	1 - 107	1 - 107
2	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	X	C	1 - 107	1 - 107
1	2	1	ARG	ARG	GLU	GLU	L	B	108 - 213	108 - 213
2	2	1	ARG	ARG	GLU	GLU	X	C	108 - 213	108 - 213
1	1	2	GLN	GLN	SER	SER	H	A	3 - 115	3 - 119
2	1	2	GLN	GLN	SER	SER	Y	D	3 - 115	3 - 119
1	2	2	THR	THR	LYS	LYS	H	A	116 - 214	120 - 218
2	2	2	THR	THR	LYS	LYS	Y	D	116 - 214	120 - 218

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	ANTIBODY 14D9 分子量: 23930.703 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC ANTIBODY 19C9 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#2: 抗体	ANTIBODY 14D9 分子量: 23271.740 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC ANTIBODY 19C9 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#3: 化合物	ChemComp-KHA / 1-(4-{[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]CARBONYL}BENZYL)-1-METHYLPIPERIDINIUM 分子量: 277.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %

結晶化

pH: 8.5
詳細: 45% MPD, 0.1 M TRIS, PH 8.5, 0.2 M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE,0.1M NAI

結晶化

*PLUS

pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	45 %(v/v)	MPD	1	reservoir
2	0.2 M	mono ammonium dihydrogen phosphate	1	reservoir
3	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.5
4	16 mg/ml	Fab	1	drop
5	5 mM		1	drop		NaCl
6	0.6 mM	hapten 1a	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月15日 / 詳細: CONFOCAL MIRRORS
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→20 Å / Num. obs: 22991 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 0.375
反射シェル	解像度: 2.79→2.85 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 85.8
反射	PLUS 最高解像度: 2.79 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 85877 / R_merge(I) obs*: 0.137
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.96 Å / % possible obs: 97.2 % / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs*: 3.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D5I

1d5i

解像度: 2.79→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.809 / SU B: 17.09 / SU ML: 0.346 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	1011	4.4 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.207	21887	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	-0.74 Å²
2-	-	-1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6344	0	70	85	6499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.259	1.954	8964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.021	5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.285	0.2	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.508	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.8	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.646	1.5	4194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.118	1.5	6778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.11	2	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.414	4.5	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	L	852	tight positional	0.16	0.05
2	H	832	tight positional	0.17	0.05
1	L	785	loose positional	0.44	5
2	H	703	loose positional	0.53	5
1	L	852	tight thermal	0.27	0.5
2	H	832	tight thermal	0.26	0.5
1	L	785	loose thermal	1.79	10
2	H	703	loose thermal	1.51	10

LS精密化シェル

解像度: 2.79→2.86 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	26
R_work	0.258	1511

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1155	0.2462	-1.1145	2.8688	-1.1208	2.2594	0.0984	0.0495	0.0713	0.2626	-0.0155	-0.0018	-0.2579	0.1529	-0.0829	0.0989	-0.0025	-0.0281	0.119	-0.0105	0.0971	15.6234	5.3526	40.3973
2	1.3789	0.1773	1.5935	2.7372	1.9448	8.2774	-0.1714	0.1963	0.1491	-0.2448	-0.02	0.0656	-0.4222	0.0462	0.1914	0.0436	-0.0197	0.0296	0.08	0.0383	0.1315	23.2017	12.0188	4.1478
3	3.4834	0.3698	1.8802	2.4224	0.5189	4.9956	-0.0232	0.0216	0.0744	0.0164	0.1186	-0.0078	0.0459	0.3037	-0.0955	0.0937	-0.0041	0.0413	0.0468	-0.018	0.1056	16.0558	-16.0113	32.8579
4	3.7319	0.9692	0.9363	4.1117	0.9183	2.0301	-0.0904	0.3001	-0.0255	-0.2196	0.022	-0.3522	0.1652	0.152	0.0684	0.0974	0.0416	0.0118	0.117	0.0565	0.0412	30.2126	-1.7869	10.0582
5	0.5609	0.3014	0.2784	5.1835	1.4841	3.1901	-0.0332	-0.3937	-0.0037	0.2181	-0.0357	-0.003	0.1845	-0.1594	0.0688	0.1263	0.0449	0.0309	0.1611	0.0262	0.1339	7.1044	25.9248	41.2748
6	2.6123	0.4916	-0.5349	2.6223	-4.2254	10.6619	-0.0489	0.2259	-0.1158	-0.3094	0.004	-0.2004	0.2652	0.0347	0.0449	0.1003	-0.0029	-0.009	0.0469	-0.0471	0.1185	-0.3058	21.963	4.5537
7	3.5302	0.7218	-0.8325	4.2487	-2.6031	7.302	-0.1679	-0.0801	-0.1059	0.1713	0.0696	-0.0372	-0.4543	-0.3443	0.0983	0.1132	0.0216	-0.0584	0.1124	-0.0956	0.2163	5.7194	47.7036	35.6058
8	1.481	0.814	-0.0995	4.138	-0.607	2.0057	-0.0882	0.1056	0.0656	-0.1649	0.0748	0.0684	-0.1561	-0.0465	0.0134	0.0884	0.0412	0.0049	0.1598	-0.0141	0.08	-8.3358	34.6	11.7396

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	110 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	4 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	114 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	X	1 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	110 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Y	4 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	114 - 215

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.28 / R_factor R_work: 0.197

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: r_bond_d / Dev ideal: 0.008

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)