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万見
- PDB-1tr7: FimH adhesin receptor binding domain from uropathogenic E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tr7
タイトルFimH adhesin receptor binding domain from uropathogenic E. coli
要素FimH protein
キーワードCELL ADHESION / type-1 pili / adhesion / urinary tract infections / uropathogenic E. coli / carbohydrate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / butyl alpha-D-mannopyranoside / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bouckaert, J. / Berglund, J. / Schembri, M. / De Genst, E. / Cools, L. / Wuhrer, M. / Hung, C.S. / Pinkner, J. / Slattegard, R. / Zavialov, A. ...Bouckaert, J. / Berglund, J. / Schembri, M. / De Genst, E. / Cools, L. / Wuhrer, M. / Hung, C.S. / Pinkner, J. / Slattegard, R. / Zavialov, A. / Choudhury, D. / Langermann, S. / Hultgren, S.J. / Wyns, L. / Klemm, P. / Oscarson, S. / Knight, S.D. / De Greve, H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: Receptor binding studies disclose a novel class of high-affinity inhibitors of the Escherichia coli FimH adhesin
著者: Bouckaert, J. / Berglund, J. / Schembri, M. / De Genst, E. / Cools, L. / Wuhrer, M. / Hung, C.S. / Pinkner, J. / Slattegard, R. / Zavialov, A. / Choudhury, D. / Langermann, S. / Hultgren, S.J. ...著者: Bouckaert, J. / Berglund, J. / Schembri, M. / De Genst, E. / Cools, L. / Wuhrer, M. / Hung, C.S. / Pinkner, J. / Slattegard, R. / Zavialov, A. / Choudhury, D. / Langermann, S. / Hultgren, S.J. / Wyns, L. / Klemm, P. / Oscarson, S. / Knight, S.D. / De Greve, H.
履歴
登録2004年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: FimH protein
A: FimH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2196
ポリマ－35,4912
非ポリマー7284
水2,612145
1
B: FimH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9822
ポリマ－17,7461
非ポリマー2361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: FimH protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2374
ポリマ－17,7461
非ポリマー4913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.1, 29.2, 93.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 92.2, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FimH protein


分子量: 17745.709 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 MG1655 / プラスミド: pPKL241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P08191
#2: 糖 ChemComp-DEG / butyl alpha-D-mannopyranoside / BUTYL-A-D-MANNOSE / butyl alpha-D-mannoside / butyl D-mannoside / butyl mannoside / ブチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 236.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O6
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.097 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 21827 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.22精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-terminal domain of FimH from PDB entry 1QUN

1qun


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.782 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1106 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 20532 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 45 145 2580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9513500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46235178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5415324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.22506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.21489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1160.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7871.51604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50622625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5093936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9774.5875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 69
Rwork0.184 1470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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