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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rum | ||||||
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タイトル | Crystal structure (F) of H2O2-soaked cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 8.5 with a data set collected at SSRL beamline 9-1. | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / catalytic antibody / water oxidation / amino acid modification | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / immunoglobulin complex, circulating / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / multivesicular body / antigen binding / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / immune response / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Wentworth Jr., P. / Wentworth, A.D. / Eschenmoser, A. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004 タイトル: Probing the antibody-catalyzed water-oxidation pathway at atomic resolution. 著者: Zhu, X. / Wentworth Jr., P. / Wentworth, A.D. / Eschenmoser, A. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural basis for antibody catalysis of a cationic cyclization reaction 著者: Zhu, X. / Heine, A. / Monnat, F. / Houk, K.N. / Janda, K.D. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rum.cif.gz | 214.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rum.ent.gz | 169.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rum_validation.pdf.gz | 460.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rum_full_validation.pdf.gz | 465.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rum_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rum_validation.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/1rum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/1rum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24235.010 Da / 分子数: 1 / 断片: fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: 129G1X+ / 参照: UniProt: Q8K0F8, UniProt: Q58EU8*PLUS | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23816.590 Da / 分子数: 1 / 断片: fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: 129G1X+ / 参照: UniProt: P01865 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-BEZ / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M tris hydrochloride, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9706 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月20日 / 詳細: flat mirror |
放射 | モノクロメーター: single crystal si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9706 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 91933 / Num. obs: 91933 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 29.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.534 / % possible all: 98.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 92687 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NCW 解像度: 1.48→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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