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万見
- PDB-1rpy: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC SH2 DOMAIN OF APS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rpy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC SH2 DOMAIN OF APS
要素adaptor protein APS
キーワードSIGNALING PROTEIN / ADAPTER PROTEIN / SH2 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of KIT signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of Ras protein signal transduction / B-1 B cell homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / regulation of metabolic process / regulation of immune response / brown fat cell differentiation / stress fiber ...Regulation of KIT signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of Ras protein signal transduction / B-1 B cell homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / regulation of metabolic process / regulation of immune response / brown fat cell differentiation / stress fiber / signaling adaptor activity / ruffle / SH2 domain binding / actin filament / B cell receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / actin cytoskeleton organization / intracellular signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH2B2, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...SH2B2, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH2B adapter protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hu, J. / Liu, J. / Ghirlando, R. / Saltiel, A.R. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural basis for recruitment of the adaptor protein APS to the activated insulin receptor.
著者: Hu, J. / Liu, J. / Ghirlando, R. / Saltiel, A.R. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2003年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adaptor protein APS
B: adaptor protein APS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0694
ポリマ－25,8772
非ポリマー1922
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
2
A: adaptor protein APS
B: adaptor protein APS
ヘテロ分子

A: adaptor protein APS
B: adaptor protein APS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1398
ポリマ－51,7544
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area7880 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.378, 78.378, 67.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 adaptor protein APS


分子量: 12938.573 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z200
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulfate/tris, pH 7.5, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlprotein1drop
21.4 Mammonium sulfate1reservoir
3100 MTris1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9789
検出器日付: 2002年7月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 10560 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rsym value: 0.199 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 19797 / % possible obs: 96.4 % / Num. measured all: 75619 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.183

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 542 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 10288 94.1 %-
all-10934 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4 Å2-2.4 Å20 Å2
2---5.4 Å20 Å2
3---10.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1360 0 10 30 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.255 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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