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Yorodumi- PDB-4gxz: Crystal structure of a periplasmic thioredoxin-like protein from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gxz | ||||||
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Title | Crystal structure of a periplasmic thioredoxin-like protein from Salmonella enterica serovar Typhimurium | ||||||
Components | Suppression of copper sensitivity protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / thiol-disulfide oxidoreductase / Thioredoxin fold / OXIDOREDUCTASE / thiol-disulfide oxidation reduction / periplasmic space | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Shepherd, M. / Heras, B. / King, G.J. / Argente, M.P. / Achard, M.E.S. / King, N.P. / McEwan, A.G. / Schembri, M.A. | ||||||
Citation | Journal: Antioxid Redox Signal / Year: 2013 Title: Structural and functional characterization of ScsC, a periplasmic thioredoxin-like protein from Salmonella enterica serovar Typhimurium Authors: Shepherd, M. / Heras, B. / Achard, M.E. / King, G.J. / Argente, M.P. / Kurth, F. / Taylor, S.L. / Howard, M.J. / King, N.P. / Schembri, M.A. / McEwan, A.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gxz.cif.gz | 292.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gxz.ent.gz | 240.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gxz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3gykS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21229.330 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: lack the signal sequence 1-17 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Strain: LT2 / Gene: scsC, STM1115 / Plasmid: pETLIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 (DE3) pLysS / References: UniProt: H9L4C1, protein disulfide-isomerase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.2 Details: 18-27% (w/v) PEG 4000, 0.1M Tris buffer pH 8.2 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.541 Å |
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Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 31, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.541 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→48.69 Å / Num. all: 106172 / Num. obs: 106150 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 7.45 % / Biso Wilson estimate: 35.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.05 Å / Redundancy: 7.29 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10617 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GYK Resolution: 2.04→48.689 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.7881 / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 27.76 / Stereochemistry target values: ML Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.165 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.24 Å2 / Biso mean: 44.5163 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→48.689 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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