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万見
- PDB-4urn: Crystal Structure of Staph ParE 24kDa in complex with Novobiocin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4urn
タイトルCrystal Structure of Staph ParE 24kDa in complex with Novobiocin
要素DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
キーワードISOMERASE / ANTIBIOTICS / GYRASE / NATURAL PRODUCT
機能・相同性Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NOVOBIOCIN / :
機能・相同性情報
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lu, J. / Patel, S. / Sharma, N. / Soisson, S. / Kishii, R. / Takei, M. / Fukuda, Y. / Lumb, K.J. / Singh, S.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structures of Kibdelomycin Bound to Staphylococcus Aureus Gyrb and Pare Showed a Novel U-Shaped Binding Mode.
著者: Lu, J. / Patel, S. / Sharma, N. / Soisson, S.M. / Kishii, R. / Takei, M. / Fukuda, Y. / Lumb, K.J. / Singh, S.B.
履歴
登録2014年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
B: DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
C: DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2286
ポリマ－74,3903
非ポリマー1,8383
水90150
1
A: DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4092
ポリマ－24,7971
非ポリマー6131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4092
ポリマ－24,7971
非ポリマー6131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4092
ポリマ－24,7971
非ポリマー6131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.678, 75.321, 76.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA TOPOISOMERASE IV, B SUBUNIT / PARE


分子量: 24796.766 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: X5EN43, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses
#2: 化合物 ChemComp-NOV / NOVOBIOCIN / 4-Hydroxy-3-[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzamido]-8-methylcoumarin-7-yl 3-O-carbamoyl-5,5-di-C-methyl-alpha-l-lyxofuranoside / U-6391


分子量: 612.624 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H36N2O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.15M AMMONIUM ACETATE, 0.075M TRIS PH 8.5 AND 19% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 28285 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3.46 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 48.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S14

1s14


解像度: 2.3→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8844 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8583 / SU R Cruickshank DPI: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 1416 5.03 %RANDOM
Rwork0.2225 ---
obs0.2248 28173 96.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9806 Å20 Å2-5.1514 Å2
2--19.3465 Å20 Å2
3----17.3659 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.338 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4199 0 132 50 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014429HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.236002HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1552SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes111HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes726HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it4429HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion577SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4869SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 160 5.41 %
Rwork0.2397 2797 -
all0.2423 2957 -
obs--96.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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