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- PDB-1rk4: Crystal Structure of a Soluble Dimeric Form of Oxidised CLIC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rk4
タイトルCrystal Structure of a Soluble Dimeric Form of Oxidised CLIC1
要素CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1
キーワードION TRANSPORT/MEMBRANE PROTEIN / GLUTATHIONE-S-TRANFERASE SUPERFAMILY / CHLORIDE ION CHANNEL / REDOX-CONTROLLED STRUCTURAL TRANSITION / ION TRANSPORT-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione dehydrogenase (ascorbate) / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / brush border / positive regulation of osteoblast differentiation / chloride channel complex / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope ...glutathione dehydrogenase (ascorbate) / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / brush border / positive regulation of osteoblast differentiation / chloride channel complex / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope / nuclear membrane / blood microparticle / vesicle / oxidoreductase activity / cadherin binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å
データ登録者Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Fairlie, W.D. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Pankhurst, S. / DeMaere, M.Z. / Campbell, T.J. / Bauskin, A.R. / Tonini, R. ...Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Fairlie, W.D. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Pankhurst, S. / DeMaere, M.Z. / Campbell, T.J. / Bauskin, A.R. / Tonini, R. / Mazzanti, M. / Breit, S.N. / Curmi, P.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Intracellular Chloride Ion Channel Protein CLIC1 Undergoes a Redox-controlled Structural Transition
著者: Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Fairlie, W.D. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Pankhurst, S. / DeMaere, M.Z. / Campbell, T.J. / Bauskin, A.R. / Tonini, R. / Mazzanti, M. / Breit, S.N. / Curmi, P.M.
履歴
登録2003年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1
B: CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1942
ポリマ－54,1942
非ポリマー00
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.861, 69.189, 107.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1 / Nuclear chloride ion channel 27 / NCC27 / p64 CLCP / Chloride channel ABP / p64CLCP / chloride channel ABP


分子量: 27096.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC1, NCC27 / プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O00299
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG MME 5000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17.6 mg/mlprotein1drop
214 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
30.1 %sodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: RIGAKU MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→57.74 Å / Num. all: 40766 / Num. obs: 38677 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.53
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 40808 / % possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 163232
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 85.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K0M

1k0m


解像度: 1.792→57.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.593 / SU ML: 0.081 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21324 2089 5.1 %RANDOM
Rwork0.17571 ---
all0.17765 38677 --
obs0.17765 38677 95.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.792→57.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 0 342 3661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.9784607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88537168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5275416
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.23474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21988
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.141.52096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04623395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0631296
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0524.51212
LS精密化 シェル解像度: 1.792→1.839 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 135
Rwork0.223 2490
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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