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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qv7 | ||||||
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タイトル | HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE HIS51GLN/LYS228ARG MUTANT COMPLEXED WITH NAD+ AND 2,3-DIFLUOROBENZYL ALCOHOL | ||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase E chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / 2 / 3-DIFLUOROBENZYL ALCOHOL / HIS51GLN/LYS228ARG MUTANT / HORSE LIVER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lebrun, L.A. / Park, D.-H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Participation of histidine-51 in catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase. 著者: LeBrun, L.A. / Park, D.-H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structures of Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed with Nad+ and Substituted Benzyl Alcohols. 著者: Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Control of Coenzyme Binding to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase. 著者: LeBrun, L.A. / Plapp, B.V. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Mobility of Fluorobenzyl Alcohols Bound to Liver Alcohol Dehydrogenase as Determined by NMR and X-Ray Crystallographic Studies. 著者: Rubach, J.K. / Plapp, B.V. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 A Resolution 著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. / Branden, C.-I. / Akeson, A. / Jones, T.A. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A. #6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qv7.cif.gz | 165.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qv7.ent.gz | 128.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qv7_validation.pdf.gz | 991.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qv7_full_validation.pdf.gz | 999.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qv7_validation.xml.gz | 33.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qv7_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qv7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39871.270 Da / 分子数: 2 断片: Recombinant enzyme without the N-acetyl group found in natural enzyme 変異: H51Q and K228R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / プラスミド: pBPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: dialysis / pH: 7 詳細: 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl)]-2-aminoethanesulfonate buffer, 1 mM NAD+, 10 mM 2,3-difluorobenzyl alcohol, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, dialysis, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 67918 / Num. obs: 67918 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.95 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.06 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 8849 / % possible all: 91.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 132501 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1hld 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.341 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.007 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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