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- PDB-1qa7: CRYSTAL COMPLEX OF THE 3C PROTEINASE FROM HEPATITIS A VIRUS WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qa7
タイトルCRYSTAL COMPLEX OF THE 3C PROTEINASE FROM HEPATITIS A VIRUS WITH ITS INHIBITOR AND IMPLICATIONS FOR THE POLYPROTEIN PROCESSING IN HAV
要素HAV 3C PROTEINASE
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / CHYMOTRYPSIN-LIKE CYSTEINE PROTEINASE VIRAL PROTEASE P'-SITE INHIBITOR / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / icosahedral viral capsid / host cell mitochondrial outer membrane / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / virion assembly / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C ...negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / icosahedral viral capsid / host cell mitochondrial outer membrane / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / virion assembly / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / 2B protein soluble domain / Hepatitis A virus, protein VP1-2A / Hepatitis A virus viral protein VP / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid ...: / 2B protein soluble domain / Hepatitis A virus, protein VP1-2A / Hepatitis A virus viral protein VP / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(iodoacetyl)-L-valyl-L-phenylalaninamide / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis A virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bergmann, E.M. / Cherney, M.M. / Mckendrick, J. / Vederas, J.C. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an inhibitor complex of the 3C proteinase from hepatitis A virus (HAV) and implications for the polyprotein processing in HAV.
著者: Bergmann, E.M. / Cherney, M.M. / Mckendrick, J. / Frormann, S. / Luo, C. / Malcolm, B.A. / Vederas, J.C. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1997
タイトル: The refined crystal structure of the 3C gene product from hepatitis A virus: specific proteinase activity and RNA recognition
著者: Bergmann, E.M. / Mosimann, S.C. / Chernaia, M.M. / Malcolm, B.A. / James, M.N.G.
#2: ジャーナル: Handbook of Proteolytic Enzymes / 年: 1998
タイトル: Hepatitis A virus picornain 3C
著者: Bergmann, E.M.
#3: ジャーナル: Handbook of Exp. Pharmacol., Vol. Proteases as Targets for Therapy
年: 1999
タイトル: The 3C proteinases of picornaviruses and other positive-sense, single-stranded RNA viruses
著者: Bergmann, E.M. / James, M.N.G.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Expression and characterization of recombinant hepatitis A virus 3C proteinase
著者: Malcolm, B.A. / Chin, S.M. / Jewell, D.A. / Stratton-Thomas, J.R. / Thudium, K.
履歴
登録1999年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年5月16日Group: Non-polymer description
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAV 3C PROTEINASE
B: HAV 3C PROTEINASE
C: HAV 3C PROTEINASE
D: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,20910
ポリマ－95,3144
非ポリマー1,8956
水9,260514
1
A: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2602
ポリマ－23,8281
非ポリマー4311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2602
ポリマ－23,8281
非ポリマー4311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2602
ポリマ－23,8281
非ポリマー4311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4304
ポリマ－23,8281
非ポリマー6013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area35940 Å2
手法PISA
6
A: HAV 3C PROTEINASE
B: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5194
ポリマ－47,6572
非ポリマー8632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
7
C: HAV 3C PROTEINASE
D: HAV 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6906
ポリマ－47,6572
非ポリマー1,0334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.562, 78.357, 105.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HAV 3C PROTEINASE


分子量: 23828.469 Da / 分子数: 4 / 断片: HAV 3C PROTEINASE / 変異: C24S, F82A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PROTEINASE CHEMICALLY BONDED TO INHIBITOR ACE-VAL-NFA. IT WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED AS IODOACETYL-VALYL-PHENYLALANYL AMIDE
由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 属: Hepatovirus / プラスミド: PHAV3-CEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26582, UniProt: P08617*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-IVF / N-(iodoacetyl)-L-valyl-L-phenylalaninamide / iodoacetyl-valyl-phenylalanyl-amide / 2-ヨ-ドアセチル-L-Val-L-Phe-NH2


タイプ: peptide-like / 分子量: 431.269 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22IN3O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM TRIS, 5% DMSO, 18% PEG 8000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
3100 mMTris1reservoir
45 %DMSO1reservoir
518 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. all: 64826 / Num. obs: 59384 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Num. unique all: 4001 / % possible all: 74.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 494113
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.7 % / Num. unique obs: 4001 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1hav

1hav


解像度: 1.9→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: no non-crystallographic restraints
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 3902 6.5 %random
Rwork0.204 ---
all0.214 55982 --
obs0.214 55982 92.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6616 0 98 514 7228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.42
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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