[日本語] English
万見
- PDB-1hav: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hav
タイトルHEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE
要素(HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE) x 2
キーワードHYDROLASE / POLYPROTEIN / COAT PROTEIN / CORE PROTEIN / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / THIOL PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host multivesicular body / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host multivesicular body / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid ...Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis A virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bergmann, E.M. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 1997
タイトル: The refined crystal structure of the 3C gene product from hepatitis A virus: specific proteinase activity and RNA recognition.
著者: Bergmann, E.M. / Mosimann, S.C. / Chernaia, M.M. / Malcolm, B.A. / James, M.N.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Hepatitis a Virus Picornain 3C
著者: Bergmann, E.M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Picornaviral 3C Cysteine Proteinases Have a Fold Similar to Chymotrypsin-Like Serine Proteinases
著者: Allaire, M. / Chernaia, M.M. / Malcolm, B.A. / James, M.N.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Expression and Characterization of Recombinant Hepatitis a Virus 3C Proteinase
著者: Malcolm, B.A. / Chin, S.M. / Jewell, D.A. / Stratton-Thomas, J.R. / Thudium, K.B. / Ralston, R. / Rosenberg, S.
履歴
登録1996年10月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE
B: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8933
ポリマ－47,8572
非ポリマー351
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE
ヘテロ分子

A: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8933
ポリマ－47,8572
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
3
A: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9051
ポリマ－23,9051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
B: HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9882
ポリマ－23,9531
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.600, 53.550, 53.200
Angle α, β, γ (deg.)99.08, 129.00, 103.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8808, -0.4661, -0.0832), (0.2512, 0.3113, 0.9165), (-0.4013, -0.8282, 0.3913)
ベクター: -17.5541, -26.8554, 18.584)

-
要素

#1: タンパク質 HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE / PICORNAIN 3C


分子量: 23904.564 Da / 分子数: 1 / 変異: C24S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 属: Hepatovirus / 遺伝子: 3C / プラスミド: PHAV-3CEX / 遺伝子 (発現宿主): 3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08617, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 HEPATITIS A VIRUS 3C PROTEINASE / PICORNAIN 3C


分子量: 23952.562 Da / 分子数: 1 / 変異: C24S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 属: Hepatovirus / 遺伝子: 3C / プラスミド: PHAV-3CEX / 遺伝子 (発現宿主): 3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08617, RNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ACTIVE SITE CYSTEINE 172 IS OXIDIZED IN MOLECULE B. MOLECULE A RESEMBLES ACTIVE PROTEINASE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 %mPEG20001reservoir
31.0 M1reservoirLiCl
43 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年10月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 25299 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0673 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2713 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 67
反射
*PLUS
Num. measured all: 64410
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.2 % / Num. unique obs: 3841 / Num. measured obs: 5802

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
BIOMOLデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INACTIVE DOUBLE MUTANT OF ALLAIRE ET AL. (1994), SEE REFERENCE 2.

解像度: 2→20 Å / σ(F): 2
詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD VERSION OF X-PLOR USED INSTEAD OF CRYSTALLOGRAPHIC RESIDUAL, SEE PANNU N.S. AND READ R.J. (1996) ACTA CRYST, VOL.A50, PP.659-668 RESIDUES 147 - 151 IN BOTH MOLECULES, A AND ...詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD VERSION OF X-PLOR USED INSTEAD OF CRYSTALLOGRAPHIC RESIDUAL, SEE PANNU N.S. AND READ R.J. (1996) ACTA CRYST, VOL.A50, PP.659-668 RESIDUES 147 - 151 IN BOTH MOLECULES, A AND B, ARE POORLY DEFINED AND PRESUMABLY FLEXIBLE. RESIDUES 147 - 151 IN BOTH MOLECULES, A AND B, ARE POORLY DEFINED AND PRESUMABLY FLEXIBLE. ASP A 36 AND ASP B 36: UNUSUAL MAIN CHAIN CONFORMATIONAL ANGLES RESIDUE I+1 OF II' REVERSE TURN AND WELL-DEFINED IN ELECTRON DENSITY DESPITE BEING FLAGGED AN OUTLIER IN A RAMACHANDRAN PLOT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1958 11 %
Rwork0.211 --
obs0.211 20059 87 %
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 1 107 3430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 174 9 %
Rwork0.277 1504 -
obs--67 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.64

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る