ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1.1 | 精密化 | | HKL-2000 | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | CNS | 1.1 | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1Q9O, S45-18 Fab unliganded 解像度: 1.96→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.278 | 2995 | 10 % | random |
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Rwork | 0.228 | - | - | - |
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all | - | 33200 | - | - |
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obs | - | 29982 | 90.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 67.8721 Å2 / ksol: 0.348868 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 99.54 Å2 / Biso mean: 40.2 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -8.76 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -8.84 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 17.6 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.36 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.38 Å | 0.34 Å |
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Luzzati d res high | - | 1.96 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→19.74 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3399 | 0 | 4 | 269 | 3672 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.01 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_torsion_deg27.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_torsion_impr_deg0.95 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.96-2.03 | 0.344 | 254 | 10.6 | 0.321 | 2140 | 0.022 | 3248 | 2394 | 73.7 | 2.03-2.11 | 0.376 | 265 | 9.6 | 0.315 | 2485 | 0.023 | 3288 | 2750 | 83.6 | 2.11-2.21 | 0.354 | 266 | 9 | 0.288 | 2682 | 0.022 | 3291 | 2948 | 89.6 | 2.21-2.33 | 0.372 | 293 | 10.8 | 0.318 | 2429 | 0.022 | 3286 | 2722 | 82.8 | 2.33-2.47 | 0.308 | 308 | 10.2 | 0.245 | 2725 | 0.018 | 3276 | 3033 | 92.6 | 2.47-2.66 | 0.32 | 304 | 9.9 | 0.248 | 2760 | 0.018 | 3286 | 3064 | 93.2 | 2.66-2.93 | 0.335 | 328 | 10.3 | 0.246 | 2845 | 0.019 | 3323 | 3173 | 95.5 | 2.93-3.35 | 0.27 | 325 | 10 | 0.216 | 2913 | 0.015 | 3333 | 3238 | 97.1 | 3.35-4.21 | 0.245 | 338 | 10.3 | 0.196 | 2953 | 0.013 | 3390 | 3291 | 97.1 | 4.21-19.74 | 0.225 | 314 | 9.3 | 0.204 | 3055 | 0.013 | 3518 | 3369 | 95.8 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | carbohydrate.paramcarbohydrate.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | water.paramwater.top | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.223 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.01 |
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