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- PDB-1piv: BINDING OF THE ANTIVIRAL DRUG WIN51711 TO THE SABIN STRAIN OF TYP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1piv
タイトルBINDING OF THE ANTIVIRAL DRUG WIN51711 TO THE SABIN STRAIN OF TYPE 3 POLIOVIRUS: STRUCTURAL COMPARISON WITH DRUG BINDING IN RHINOVIRUS 14
要素(POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT ...) x 5
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Chem-W71 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus type 3
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hiremath, C.N. / Grant, R.A. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Binding of the antiviral drug WIN51711 to the sabin strain of type 3 poliovirus: structural comparison with drug binding in rhinovirus 14.
著者: Hiremath, C.N. / Grant, R.A. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structures of Poliovirus Complexes with Anti-Viral Drugs: Implications for Viral Stability and Drug Design
著者: Grant, R.A. / Hiremath, C.N. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#2: ジャーナル: New Aspects of Positive-Strand RNA Viruses / 年: 1990
タイトル: Role of Conformational Transitions in Poliovirus Assembly and Cell Entry
著者: Hogle, J.M. / Syed, R. / Fricks, C.E. / Icenogle, J.P. / Flore, O. / Filman, D.J.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1983
タイトル: The Nucleotide Sequence of Poliovirus Type 3 Leon 12A1B: Comparison with Poliovirus Type 1
著者: Stanway, G. / Cann, A.J. / Hauptman, R. / Hughes, P. / Clarke, L.D. / Mountford, R.C. / Minor, P.D. / Schild, G.C. / Almond, J.W.
履歴
登録1995年2月2日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
1: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
2: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP2)
3: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP3)
4: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4497
ポリマ－97,8785
非ポリマー5712
水00
1
0: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
1: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
2: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP2)
3: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP3)
4: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,906,944420
ポリマ－5,872,696300
非ポリマー34,248120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
0: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
1: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
2: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP2)
3: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP3)
4: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 492 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,24535
ポリマ－489,39125
非ポリマー2,85410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
0: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
1: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
2: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP2)
3: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP3)
4: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 591 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)590,69442
ポリマ－587,27030
非ポリマー3,42512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
0: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
1: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)
2: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP2)
3: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP3)
4: POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.48 MDa, 75 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,476,736105
ポリマ－1,468,17475
非ポリマー8,56230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)321.060, 358.620, 381.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 2 83
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
6generate(1), (1), (1)
7generate(-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)
8generate(-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699)
9generate(0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699)
10generate(0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)
13generate(0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)
14generate(-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699)
15generate(-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)

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要素

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POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT ... , 5種, 5分子 01234

#1: タンパク質・ペプチド POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)


分子量: 446.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS ENTITY REPRESENTS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP WHICH APPEARS TO BE A BETA STRAND. ALTHOUGH THE SIDE CHAINS OF THIS STRAND CANNOT BE CORRELATED RELIABLY WITH THE SEQUENCE OF THE ...詳細: THIS ENTITY REPRESENTS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP WHICH APPEARS TO BE A BETA STRAND. ALTHOUGH THE SIDE CHAINS OF THIS STRAND CANNOT BE CORRELATED RELIABLY WITH THE SEQUENCE OF THE PROTEIN, THE FEATURE IS BELIEVED LIKELY TO CORRESPOND TO SOME PORTION OF THE AMINO TERMINAL EXTENSION OF VP1.
由来: (組換発現) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: 3-LEON-12A(1)B PLACQUE 411
#2: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP1)


分子量: 33651.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: 3-LEON-12A(1)B PLACQUE 411 / 器官: SEED / 参照: UniProt: P03302
#3: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP2)


分子量: 30169.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: 3-LEON-12A(1)B PLACQUE 411 / 器官: SEED / 参照: UniProt: P03302
#4: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP3)


分子量: 26289.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: 3-LEON-12A(1)B PLACQUE 411 / 器官: SEED / 参照: UniProt: P03302
#5: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3 (SUBUNIT VP4)


分子量: 7320.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: 3-LEON-12A(1)B PLACQUE 411 / 器官: SEED / 参照: UniProt: P03302

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-W71 / 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE / COMPOUND IV / ジソキサリル


分子量: 342.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N2O3
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE APPROPRIATE SEQUENCE FOR THIS VIRUS CORRESPONDS TO THE STANWAY, ET AL. REFERENCE ABOVE.
由来についての詳細POLIOVIRUS SEED STOCK OBTAINED FROM P. D. MINOR (NATIONAL INSTITUTE OF BIOLOGICAL STANDARDS AND ...POLIOVIRUS SEED STOCK OBTAINED FROM P. D. MINOR (NATIONAL INSTITUTE OF BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL, LONDON)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis / 詳細: Filman, D.J., (1989) Embo J., 8, 1567.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMPIPES11
25 mM11MgCl2
31 mM11CaCl2
40.5 M11NaCl

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 121440 / % possible obs: 25 % / Observed criterion σ(F): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.166

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor obs: 0.316 / 最高解像度: 2.9 Å
詳細: THE POLYPEPTIDE DESIGNATED IN THIS FILE AS RESIDUES 7 - 10 OF CHAIN 0 REPRESENTS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP WHICH APPEARS TO BE A BETA STRAND. ALTHOUGH THE SIDE CHAINS OF THIS ...詳細: THE POLYPEPTIDE DESIGNATED IN THIS FILE AS RESIDUES 7 - 10 OF CHAIN 0 REPRESENTS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP WHICH APPEARS TO BE A BETA STRAND. ALTHOUGH THE SIDE CHAINS OF THIS STRAND CANNOT BE CORRELATED RELIABLY WITH THE SEQUENCE OF THE PROTEIN, THE FEATURE IS BELIEVED LIKELY TO CORRESPOND TO SOME PORTION OF THE AMINO TERMINAL EXTENSION OF VP1.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6631 0 25 0 6656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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