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- PDB-1okz: Structure of human PDK1 kinase domain in complex with UCN-01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1okz
タイトルStructure of human PDK1 kinase domain in complex with UCN-01
要素3-PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE 1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / PKB / PDK1 / UCN-01 / 7-HYDROXY STAUROSPORINE / INHIBITOR / ATP-BINDING / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular signaling cassette / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / type B pancreatic cell development / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hyperosmotic response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process ...intracellular signaling cassette / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / type B pancreatic cell development / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hyperosmotic response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / phospholipase binding / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / extrinsic apoptotic signaling pathway / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated cell proliferation / VEGFR2 mediated vascular permeability / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / calcium-mediated signaling / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / cellular response to insulin stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Regulation of TP53 Degradation / insulin receptor signaling pathway / Downstream TCR signaling / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXYSTAUROSPORINE / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Komander, D. / Kular, G.S. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Ucn-01 (7-Hydroxystaurosporine) Specificity and Pdk1 (3-Phosphoinositide-Dependent Protein Kinase-1) Inhibition
著者: Komander, D. / Kular, G.S. / Bain, J. / Elliot, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2003年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,01413
ポリマ－35,4991
非ポリマー1,51512
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.387, 123.387, 47.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1369-

SO4

21A-1369-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 3-PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE 1 / HPDK1


分子量: 35498.688 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 51-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PDB RESIDUES ARE NUMBERED 51-360 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: BACULOVIRUS INFECTED / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-UCN / 7-HYDROXYSTAUROSPORINE / UCN-01


分子量: 482.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 2.1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5 + 0.25 UL COBALTOUS CHLORIDE HEXAHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 14395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H1W

1h1w


解像度: 2.51→24.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1466450.44 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SOME SIDECHAINS REFINED WITH OCCUPANCY = 0.00 DUE TO DISORDER. SOME RESIDUES MUTATED TO ALANINE DUE TO DISORDER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 589 4.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 14384 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.0281 Å2 / ksol: 0.384532 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7 Å23.82 Å20 Å2
2--4.7 Å20 Å2
3----9.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→24.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 97 102 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 102 4.5 %
Rwork0.243 2156 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROT.PARPROT.TOP
X-RAY DIFFRACTION2UCN01.PAUCN01.TO
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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