PDB-1oey: Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oey

タイトル

Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase

要素

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2
NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PB1 HETERODIMER-COMPLEX / NADPH OXIDASE / PB1 DOMAIN / HETERODIMERIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / superoxide metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wilson, M.I. / Gill, D.J. / Perisic, O. / Quinn, M.T. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Pb1 Domain-Mediated Heterodimerization in Nadph Oxidase and Signaling Complexes of Atypical Protein Kinase C with Par6 and P62
著者: Wilson, M.I. / Gill, D.J. / Perisic, O. / Quinn, M.T. / Williams, R.L.

履歴

登録	2003年4月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Advisory / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1oey.ent.gz	134.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e96 1h6h 1hh8 1ip9 1ipg 1k4u
類似構造データ	1vl5-4 4ef2-2 4fxh-d 4b9x-d 2yg8-1 1vl5-1 4kpt-2 3k2d-2 5uh0-2 3n6u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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カタラーゼ (Catalase)
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#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

B: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

C: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

D: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

J: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

K: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

L: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

M: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

91.2 kDa, 8 ポリマー
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1

A: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

J: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

K: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

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3

C: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

L: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

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4

D: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2

M: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

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単位格子

Length a, b, c (Å)	151.422, 151.422, 68.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5481, 0.8356, -0.0371), (-0.834, -0.5425, 0.1006), (0.064, 0.0861, 0.9942)	45.1965, 59.6372, -25.7679
2	given	(0.98218, -0.11698, -0.14708), (0.10459, 0.9905, -0.089324), (0.15613, 0.07235, 0.98508)	-72.088, -17.614, -17.5563
3	given	(0.656, -0.7527, -0.055), (0.7518, 0.6582, -0.0402), (0.0665, -0.015, 0.9977)	23.6739, -66.7072, -24.9095

#1: タンパク質	NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2 / P67-PHOX 分子量: 9940.824 Da / 分子数: 4 / 断片: PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPTG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P19878
#2: タンパク質	NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4 / P40-PHOX 分子量: 12848.079 Da / 分子数: 4 / 断片: PB1 DOMAIN, RESIDUES 237-339 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPTG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q15080
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED MUTATION CYS (242) VAL
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %

結晶化

pH: 9
詳細: 18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	7.5 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris	1	drop	pH7.4
3	100 mM		1	drop		NaCl
4	5 mM	dithiothreitol	1	drop
5	18 %	PEG3350	1	drop
6	17 %	PEG400	1	drop
7	4.8 %	isopropanol	1	drop
8	0.1 M	CAPSO	1	drop	pH9.0
9	18 %	PEG3350	1	reservoir
10	17 %	PEG400	1	reservoir
11	0.1 M	CAPSO	1	reservoir	pH9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97926,0.97912,0.9757959

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日 / 詳細: BENT MIRROR

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.97912	1
3	0.9757959	1

反射

解像度: 2→100 Å / Num. obs: 357868 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94

反射

*PLUS

最高解像度: 2 Å / Num. obs: 59062 / Num. measured all: 357868 / R_merge(I) obs: 0.155

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 94 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 4.726 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.173
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	2957	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.212	56102	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0.15 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6032	0	0	343	6375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.968	8275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3	12915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.291	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	6060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.807	1.5	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.563	2	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.484	3	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.053	4.5	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.306	210
R_work	0.259	3922

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.839	0.1764	0.1811	1.7817	-0.4806	1.3365	-0.0211	-0.0267	-0.0708	0.0095	0.0273	0.0733	-0.0486	-0.168	-0.0063	0.1359	-0.0074	0.0009	0.1914	0.0153	0.1556	9.627	11.72	0.409
2	1.8563	-0.6975	-0.5762	5.1568	-2.8431	3.6863	-0.155	0.0217	-0.0433	-0.3247	-0.1066	-0.4591	0.6644	0.0761	0.2616	0.2707	0.0984	0.0384	0.0458	-0.0108	0.199	61.664	-1.005	22.432
3	5.2455	-0.9909	1.3823	2.2916	-0.0786	3.0708	0.0019	-0.3885	-0.0405	0.0288	0.0113	0.2908	-0.0057	-0.2936	-0.0131	0.1065	0.0019	-0.0024	0.1866	0.042	0.1748	85.995	19.643	2.654
4	1.3595	1.1176	0.4041	2.7991	1.3037	3.5972	-0.0843	0.0847	0.0787	-0.1728	-0.0495	0.272	-0.5454	-0.3428	0.1337	0.1893	0.1434	-0.0426	0.1615	0.0077	0.1942	50.921	61.124	23.138
5	1.1275	0.3134	-0.2255	1.1397	-0.765	1.0921	0.0133	0.025	-0.0355	-0.0165	-0.0248	-0.0707	0.0051	0.0242	0.0115	0.167	-0.0087	0.0029	0.1745	0.0157	0.1597	33.655	11.106	-4.098
6	1.4839	0.1749	0.5291	1.0992	0.4408	0.994	-0.0143	0.0032	0.0103	-0.0229	0.0653	0.0278	0.0279	0.0109	-0.0509	0.16	-0.0045	0.0004	0.1741	0.0003	0.1499	48.255	18.157	17.728
7	1.1889	0.3156	0.0416	1.156	-0.6594	1.3338	0.0743	-0.0148	0.0344	-0.0341	0.0124	-0.0256	0.0655	-0.0401	-0.0868	0.1787	0.027	-0.0378	0.1589	0.0098	0.1516	108.876	18.04	-3.988
8	1.2004	0.1957	-0.9592	1.2504	-0.239	1.4885	-0.0246	-0.0051	-0.033	-0.02	0.0168	-0.067	-0.0109	-0.0353	0.0079	0.1496	-0.0063	-0.0109	0.1622	0.0097	0.1699	66.08	43.358	17.143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	347 - 428
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	351 - 427
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	352 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	350 - 428
5	X-RAY DIFFRACTION	5	J	235 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	236 - 339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	236 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	237 - 339

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 129 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.25 / R_factor R_work: 0.21

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_deg	6.2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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