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- PDB-1vl5: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE METHYLTRANSFERASE (BH2331) FROM B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vl5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE METHYLTRANSFERASE (BH2331) FROM BACILLUS HALODURANS C-125 AT 1.95 A RESOLUTION
要素unknown conserved protein BH2331
キーワードTRANSFERASE / PUTATIVE METHYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
ubiE/COQ5 methyltransferase family signature 2. / UbiE/COQ5 methyltransferase, conserved site / : / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (BH2331) from Bacillus halodurans at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 9991. THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHHM] FOLLOWED BY ...1. THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHHM] FOLLOWED BY RESIDUES 19-265 OF THE PREDICTED 10174951 GENE PRODUCT. THE FIRST 18 RESIDUES OF THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WERE PREDICTED TO BE DISORDERED AND WERE NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT. 2. CLONING ARTIFACT: EXPERIMENTAL PHASING RESULTS REVEALED THAT RESIDUE 102 IS SELENOMETHIONINE IN THE EXPRESSED CONSTRUCT AND NOT A LEUCINE AS PREDICTED BY THE SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: unknown conserved protein BH2331
B: unknown conserved protein BH2331
C: unknown conserved protein BH2331
D: unknown conserved protein BH2331


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9734
ポリマ－120,9734
非ポリマー00
水11,422634
1
A: unknown conserved protein BH2331


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2431
ポリマ－30,2431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: unknown conserved protein BH2331


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2431
ポリマ－30,2431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: unknown conserved protein BH2331


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2431
ポリマ－30,2431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: unknown conserved protein BH2331


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2431
ポリマ－30,2431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.006, 87.475, 105.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
12A
22B
32C
42D
52A
62B
72C
82D

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYSERSERAA28 - 14723 - 142
211GLYGLYSERSERBB28 - 14723 - 142
311GLYGLYSERSERCC28 - 14723 - 142
411GLYGLYSERSERDD28 - 14723 - 142
521ALAALAILEILEAA172 - 200167 - 195
621ALAALAILEILEBB172 - 200167 - 195
721ALAALAILEILECC172 - 200167 - 195
821ALAALAILEILEDD172 - 200167 - 195
931ARGARGTHRTHRAA241 - 258236 - 253
1031ARGARGTHRTHRBB241 - 258236 - 253
1131ARGARGTHRTHRCC241 - 258236 - 253
1231ARGARGTHRTHRDD241 - 258236 - 253
112ALAALAARGARGAA148 - 171143 - 166
212ALAALAARGARGBB148 - 171143 - 166
312ALAALAARGARGCC148 - 171143 - 166
412ALAALAARGARGDD148 - 171143 - 166
522PHEPHEGLYGLYAA201 - 240196 - 235
622PHEPHEGLYGLYBB201 - 240196 - 235
722PHEPHEGLYGLYCC201 - 240196 - 235
822PHEPHEGLYGLYDD201 - 240196 - 235

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
unknown conserved protein BH2331


分子量: 30243.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / 遺伝子: BH2331 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KAF6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 12% PEG MME 2000, 0.04M Acetic Acid, 0.06M Citrate_Na3 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979494,0.885567,0.979494
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月10日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9794941
20.8855671
反射解像度: 1.85→49.83 Å / Num. obs: 90667 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.44 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4475 / Rsym value: 0.523 / % possible all: 62.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→49.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.233 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.131
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOMS AND RESIDUES THAT COULD NOT BE RESOLVED WERE NOT BUILT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20882 4191 5 %RANDOM
Rwork0.17726 ---
obs0.1789 78937 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å2-0.29 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7186 0 0 634 7820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0227379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.9349968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.808315152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61724.05363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.929151234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7041537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.26378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.24319
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0720.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.45934859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.64631846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96357232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.36183169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.872112736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.23641
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2199loose positional0.415
12B2199loose positional0.435
13C2199loose positional0.95
14D2199loose positional0.445
11A2199loose thermal2.2410
12B2199loose thermal2.4210
13C2199loose thermal3.7710
14D2199loose thermal2.0610
21A981loose positional0.225
22B981loose positional0.285
23C981loose positional0.35
24D981loose positional0.295
21A981loose thermal1.9810
22B981loose thermal1.9410
23C981loose thermal2.1410
24D981loose thermal2.410
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 280 4.56 %
Rwork0.227 5859 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0920.09090.13260.9933-0.02530.3359-0.00510.01320.0098-0.0978-0.0141-0.00440.14650.07270.0191-0.11040.0004-0.0018-0.13620.0027-0.165442.70811.78580.155
20.57560.0015-0.03270.5627-0.14931.3497-0.02020.065-0.0067-0.14970.01050.00930.18110.16210.0097-0.11040.0124-0.0001-0.11250.0275-0.143972.54238.29153.476
31.05060.28080.49570.51830.30621.29340.0272-0.1982-0.00450.1979-0.03220.07560.062-0.17510.0051-0.09470.0072-0.0059-0.13330.0013-0.145240.70730.563104.65
42.74030.6186-0.08730.8093-0.00810.9396-0.00250.08940.7332-0.04780.06550.0131-0.308-0.0311-0.063-0.0542-0.00730.0058-0.13310.03040.119833.69720.78831.061
54.0604-0.31160.04940.9967-0.69271.8392-0.07570.3014-0.2396-0.0886-0.0189-0.0920.23340.21880.0946-0.1639-0.01430.016-0.11670.0048-0.14463.45726.02379.205
63.87450.22170.62751.3345-0.33171.6836-0.02610.2338-0.1409-0.18580.00670.1160.1187-0.08470.0194-0.1514-0.01230.005-0.15960.0163-0.103551.53337.49467.58
74.08491.69560.54741.6195-0.0891.5010.0249-0.41680.4090.1751-0.09140.2678-0.0913-0.44050.0665-0.16810.0461-0.0086-0.0326-0.021-0.087219.39536.33692.943
83.1226-0.196-0.34421.7660.29571.2002-0.05380.23570.2929-0.12150.06960.1541-0.1848-0.0915-0.0158-0.1434-0.0163-0.0378-0.11090.0311-0.102413.2377.18425.296
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA28 - 14723 - 142
21AA172 - 200167 - 195
31AA241 - 258236 - 253
42BB28 - 14723 - 142
52BB172 - 200167 - 195
62BB241 - 258236 - 253
73CC28 - 14723 - 142
83CC172 - 200167 - 195
93CC241 - 258236 - 253
104DD28 - 14723 - 142
114DD172 - 200167 - 195
124DD241 - 258236 - 253
135AA148 - 171143 - 166
145AA201 - 240196 - 235
156BB148 - 171143 - 166
166BB201 - 240196 - 235
177CC148 - 171143 - 166
187CC201 - 240196 - 235
198DD148 - 171143 - 166
208DD201 - 240196 - 235

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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