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- PDB-4fxh: Crystal structure of the isolated E. coli RelE toxin, P212121 form -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fxh | ||||||
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Title | Crystal structure of the isolated E. coli RelE toxin, P212121 form | ||||||
![]() | mRNA interferase RelE | ||||||
![]() | TOXIN / toxin/antitoxin system / nuclease / translational control / stress response / RelB / Ribosome / B-ME on Cys50 | ||||||
Function / homology | ![]() toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding ...toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / rRNA binding / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brodersen, D.E. / Boggild, A. / Sofos, N. | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of the intact E. coli RelBE toxin-antitoxin complex provides the structural basis for conditional cooperativity. Authors: Boggild, A. / Sofos, N. / Andersen, K.R. / Feddersen, A. / Easter, A.D. / Passmore, L.A. / Brodersen, D.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 450.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4fxeC ![]() 4fxiC ![]() 3kha C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11236.251 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RelE / Mutation: R81A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0C077, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulphate, 30% PEG 5000 MME, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91838 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→44.291 Å / Num. all: 8223 / Num. obs: 8223 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 18.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3KHA ![]() 3kha Resolution: 2.4→37.669 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.7941 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.39 / Phase error: 26.7
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.36 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.39 Å2 / Biso mean: 47.4198 Å2 / Biso min: 5.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→37.669 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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