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- PDB-1oel: CONFORMATIONAL VARIABILITY IN THE REFINED STRUCTURE OF THE CHAPER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oel
タイトルCONFORMATIONAL VARIABILITY IN THE REFINED STRUCTURE OF THE CHAPERONIN GROEL AT 2.8 ANGSTROM RESOLUTION
要素GROEL (HSP60 CLASS)
キーワードCHAPERONIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Braig, K. / Adams, P.D. / Brunger, A.T.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Conformational variability in the refined structure of the chaperonin GroEL at 2.8 A resolution.
著者: Braig, K. / Adams, P.D. / Brunger, A.T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: The Crystal Structure of the Bacterial Chaperonin Groel at 2.8 Angstrom
著者: Braig, K. / Otwinowski, Z. / Hegde, R. / Boisvert, D.C. / Joachimiak, A. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Residues in Chaperonin Groel Required for Polypeptide Binding and Release
著者: Fenton, W.A. / Kashi, Y. / Furtak, K. / Horwich, A.L.
履歴
登録1995年11月21日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROEL (HSP60 CLASS)
B: GROEL (HSP60 CLASS)
C: GROEL (HSP60 CLASS)
D: GROEL (HSP60 CLASS)
E: GROEL (HSP60 CLASS)
F: GROEL (HSP60 CLASS)
G: GROEL (HSP60 CLASS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,8987
ポリマ－399,8987
非ポリマー00
水2,684149
1
A: GROEL (HSP60 CLASS)
B: GROEL (HSP60 CLASS)
C: GROEL (HSP60 CLASS)
D: GROEL (HSP60 CLASS)
E: GROEL (HSP60 CLASS)
F: GROEL (HSP60 CLASS)
G: GROEL (HSP60 CLASS)

A: GROEL (HSP60 CLASS)
B: GROEL (HSP60 CLASS)
C: GROEL (HSP60 CLASS)
D: GROEL (HSP60 CLASS)
E: GROEL (HSP60 CLASS)
F: GROEL (HSP60 CLASS)
G: GROEL (HSP60 CLASS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)799,79614
ポリマ－799,79614
非ポリマー00
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.380, 204.980, 280.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
GROEL (HSP60 CLASS)


分子量: 57128.293 Da / 分子数: 7 / 変異: R13G, A126V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / 解説: OVER-EXPRESSION PLASMID / 遺伝子: GROEL / プラスミド: IQ-TRC / 遺伝子 (発現宿主): GROEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mg/mlGroEL1drop
20.2 %(w/v)PEG80001drop
30.86 Mammonium sulfate1drop
42 mM1dropCaCl2
550 mMTris-acetate1drop
60.4 %(w/v)PEG80001reservoir
74 mM1reservoirCaCl2
8100 mMTris-acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→8.01 Å / Num. obs: 117943 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 -10 %
Rwork0.227 --
obs0.227 90526 72.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26936 0 0 149 27085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.301
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.301
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.89 Å / Rfactor Rfree: 32.2 / Total num. of bins used: 10 / Rfactor obs: 28.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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