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万見
- PDB-4v43: Structural and mechanistic basis for allostery in the bacterial c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v43
タイトルStructural and mechanistic basis for allostery in the bacterial chaperonin GroEL
要素GROEL PROTEIN
キーワードCHAPERONE / Wild Type GroEL / ALLOSTERY
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Wang, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: A GroEL/GroES complex structure revisited: the structure-based mechanism of ATP hydrolysis
著者: Wang, J. / Boisvert, D.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The 2.4 A Crystal Structure of the Bacterial Chaperonin GroEL Complexed with ATP Gamma S
著者: Boisvert, D.C. / Wang, J. / Otwinowski, Z. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: The Crystal Structure of the Bacterial Chaperonin GroEL at 2.8 A
著者: Braig, K. / Otwinowski, Z. / Hegde, R. / Boisvert, D.C. / Joachimiak, A. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Conformational Variability in the Refined Structure of the Chaperonin GroEL at 2.8 A Resolution
著者: Braig, K. / Adams, P.D. / Brunger, A.T.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: The Crystal Structure of the Asymmetric GroEL-GroES-(ADP)7 Chaperonin Complex
著者: Xu, Z. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
履歴
登録2002年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1J4Z, 1KPO
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROEL PROTEIN
B: GROEL PROTEIN
C: GROEL PROTEIN
D: GROEL PROTEIN
E: GROEL PROTEIN
F: GROEL PROTEIN
G: GROEL PROTEIN
H: GROEL PROTEIN
I: GROEL PROTEIN
J: GROEL PROTEIN
K: GROEL PROTEIN
L: GROEL PROTEIN
M: GROEL PROTEIN
N: GROEL PROTEIN
O: GROEL PROTEIN
P: GROEL PROTEIN
Q: GROEL PROTEIN
R: GROEL PROTEIN
S: GROEL PROTEIN
T: GROEL PROTEIN
U: GROEL PROTEIN
V: GROEL PROTEIN
W: GROEL PROTEIN
X: GROEL PROTEIN
Y: GROEL PROTEIN
Z: GROEL PROTEIN
1: GROEL PROTEIN
2: GROEL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,600,43728
ポリマ－1,600,43728
非ポリマー00
水00
1
A: GROEL PROTEIN
B: GROEL PROTEIN
C: GROEL PROTEIN
D: GROEL PROTEIN
E: GROEL PROTEIN
F: GROEL PROTEIN
G: GROEL PROTEIN
H: GROEL PROTEIN
I: GROEL PROTEIN
J: GROEL PROTEIN
K: GROEL PROTEIN
L: GROEL PROTEIN
M: GROEL PROTEIN
N: GROEL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)800,21814
ポリマ－800,21814
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
O: GROEL PROTEIN
P: GROEL PROTEIN
Q: GROEL PROTEIN
R: GROEL PROTEIN
S: GROEL PROTEIN
T: GROEL PROTEIN
U: GROEL PROTEIN
V: GROEL PROTEIN
W: GROEL PROTEIN
X: GROEL PROTEIN
Y: GROEL PROTEIN
Z: GROEL PROTEIN
1: GROEL PROTEIN
2: GROEL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)800,21814
ポリマ－800,21814
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.666, 264.235, 294.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
GROEL PROTEIN / 60 kDa chaperonin / Protein Cpn60 / groEL protein / AMS


分子量: 57158.457 Da / 分子数: 28 / 変異: D398A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 1998年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 217987 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.02 % / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 1.396 / % possible all: 51.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kp8

1kp8


解像度: 3.52→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 9860 5 %RANDOM
Rwork0.291 ---
obs-198130 76.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.4049 Å2 / ksol: 0.231794 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.64 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.94 Å1.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53998 0 0 0 53998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.52→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 789 4.9 %
Rwork0.417 15157 -
obs--36.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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