PDB-1ss8: GroEL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ss8

タイトル

GroEL

要素

groEL protein

キーワード

CHAPERONE / chaperonin / protein folding

機能・相同性

機能・相同性情報

GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Chaudhry, C. / Horwich, A.L. / Brunger, A.T. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Exploring the structural dynamics of the E.coli chaperonin GroEL using translation-libration-screw crystallographic refinement of intermediate states.
著者: Chaudhry, C. / Horwich, A.L. / Brunger, A.T. / Adams, P.D.

履歴

登録	2004年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2014年3月26日	Group: Other
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONFLICTS ARE PRESENT IN RELATED ENTRY 1OEL.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	1ss8_full_validation.pdf.gz	615.4 KB	表示
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CIF形式データ	1ss8_validation.cif.gz	165.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ss8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ss8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1svtC 1sx3C 1sx4C 1oel C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oel-1 2nwc-d 1sx3-d 1xck-d 4hel-d 1kp8-d 2ynj-d 6kfv-d 4v43-2 4wgl-d 5w0s-d 4wsc-d 5opw-d 2yey-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: groEL protein

B: groEL protein

C: groEL protein

D: groEL protein

E: groEL protein

F: groEL protein

G: groEL protein

386 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: groEL protein

B: groEL protein

C: groEL protein

D: groEL protein

E: groEL protein

F: groEL protein

G: groEL protein

A: groEL protein

B: groEL protein

C: groEL protein

D: groEL protein

E: groEL protein

F: groEL protein

G: groEL protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
772 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.380, 204.980, 280.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	SER	SER	A	A	2 - 135	1 - 134
2	1	1	ALA	ALA	SER	SER	B	B	2 - 135	1 - 134
3	1	1	ALA	ALA	SER	SER	C	C	2 - 135	1 - 134
4	1	1	ALA	ALA	SER	SER	D	D	2 - 135	1 - 134
5	1	1	ALA	ALA	SER	SER	E	E	2 - 135	1 - 134
6	1	1	ALA	ALA	SER	SER	F	F	2 - 135	1 - 134
7	1	1	ALA	ALA	SER	SER	G	G	2 - 135	1 - 134
8	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	410 - 525	409 - 524
9	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	410 - 525	409 - 524
10	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	410 - 525	409 - 524
11	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	D	D	410 - 525	409 - 524
12	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	E	E	410 - 525	409 - 524
13	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	F	F	410 - 525	409 - 524
14	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	G	G	410 - 525	409 - 524
1	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	136 - 190	135 - 189
2	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	136 - 190	135 - 189
3	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	136 - 190	135 - 189
4	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	136 - 190	135 - 189
5	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	136 - 190	135 - 189
6	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	136 - 190	135 - 189
7	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	G	G	136 - 190	135 - 189
8	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	375 - 409	374 - 408
9	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	375 - 409	374 - 408
10	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	375 - 409	374 - 408
11	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	375 - 409	374 - 408
12	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	E	E	375 - 409	374 - 408
13	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	F	F	375 - 409	374 - 408
14	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	G	G	375 - 409	374 - 408
1	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	191 - 374	190 - 373
2	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	191 - 374	190 - 373
3	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	C	C	191 - 374	190 - 373
4	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	D	D	191 - 374	190 - 373
5	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	E	E	191 - 374	190 - 373
6	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	F	F	191 - 374	190 - 373
7	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	G	G	191 - 374	190 - 373

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

THE COMPLETE GROEL COMPLEX (2 BACK-TO-BACK RINGS) IS GENERATED BY THE APPLICATION OF THE SYMMETRY OPERATOR (X,-Y,-Z) TO THE 7 PROTOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT.

#1: タンパク質	groEL protein / Protein Cpn60 / 60 kDa chaperonin 分子量: 55148.020 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: GROL, GROEL, MOPA, B4143, C5227, Z5748, ECS5124, SF4297, S4564 プラスミド: trc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P0A6F5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

groEL protein / Protein Cpn60 / 60 kDa chaperonin

分子量: 55148.020 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: GROL, GROEL, MOPA, B4143, C5227, Z5748, ECS5124, SF4297, S4564
プラスミド: trc / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P0A6F5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 8 詳細: PEG 8000, 1.72 M ammonium slufate, 4 mM CaCl2, 100mM Tris-acetate , pH 8.0, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 298K

-
データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30.015 Å / Num. all: 123506 / Num. obs: 117825 / Limit h max: 60 / Limit h min: 0 / Limit k max: 75 / Limit k min: 0 / Limit l max: 100 / Limit l min: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 14.259 / SU ML: 0.279 / SU R Cruickshank DPI: 1.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 1.208 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	2966	2.517 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
all	0.216	117825	-	-
obs	0.216	117825	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 2.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.211 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.539 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26957	0	0	107	27064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	27153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.043	1.984	36666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.881	5	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	19740
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.422	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.367	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.297	1.5	18081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.489	2	28938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.137	3	9072
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.562	4.5	7728

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1806	tight positional	0.092	0.05
1	1	A	1806	tight thermal	0.192	0.5
1	2	B	1806	tight positional	0.131	0.05
1	2	B	1806	tight thermal	0.228	0.5
1	3	C	1806	tight positional	0.098	0.05
1	3	C	1806	tight thermal	0.189	0.5
1	4	D	1806	tight positional	0.087	0.05
1	4	D	1806	tight thermal	0.19	0.5
1	5	E	1806	tight positional	0.108	0.05
1	5	E	1806	tight thermal	0.216	0.5
1	6	F	1806	tight positional	0.091	0.05
1	6	F	1806	tight thermal	0.182	0.5
1	7	G	1806	tight positional	0.092	0.05
1	7	G	1806	tight thermal	0.193	0.5
2	1	A	647	tight positional	0.072	0.05
2	1	A	647	tight thermal	0.109	0.5
2	2	B	647	tight positional	0.076	0.05
2	2	B	647	tight thermal	0.131	0.5
2	3	C	647	tight positional	0.073	0.05
2	3	C	647	tight thermal	0.105	0.5
2	4	D	647	tight positional	0.07	0.05
2	4	D	647	tight thermal	0.108	0.5
2	5	E	647	tight positional	0.083	0.05
2	5	E	647	tight thermal	0.132	0.5
2	6	F	647	tight positional	0.071	0.05
2	6	F	647	tight thermal	0.102	0.5
2	7	G	647	tight positional	0.076	0.05
2	7	G	647	tight thermal	0.134	0.5
3	1	A	1398	tight positional	0.051	0.05
3	1	A	1398	tight thermal	0.074	0.5
3	2	B	1398	tight positional	0.049	0.05
3	2	B	1398	tight thermal	0.062	0.5
3	3	C	1398	tight positional	0.053	0.05
3	3	C	1398	tight thermal	0.068	0.5
3	4	D	1398	tight positional	0.052	0.05
3	4	D	1398	tight thermal	0.071	0.5
3	5	E	1398	tight positional	0.062	0.05
3	5	E	1398	tight thermal	0.084	0.5
3	6	F	1398	tight positional	0.043	0.05
3	6	F	1398	tight thermal	0.055	0.5
3	7	G	1398	tight positional	0.053	0.05
3	7	G	1398	tight thermal	0.071	0.5

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Num. reflection all
2.7-2.7696	0.368	104	0.327	4270	X-RAY DIFFRACTION	5287
2.77-2.8448	0.345	136	0.295	5988	X-RAY DIFFRACTION	6982
2.845-2.9265	0.305	185	0.284	7102	X-RAY DIFFRACTION	8113
2.927-3.0157	0.297	180	0.263	7032	X-RAY DIFFRACTION	7907
3.016-3.1135	0.275	168	0.246	7055	X-RAY DIFFRACTION	7730
3.114-3.2216	0.291	177	0.231	6979	X-RAY DIFFRACTION	7520
3.222-3.3417	0.252	189	0.22	7037	X-RAY DIFFRACTION	7486
3.342-3.4764	0.273	186	0.223	6976	X-RAY DIFFRACTION	7427
3.476-3.6287	0.236	191	0.213	6994	X-RAY DIFFRACTION	7417
3.629-3.8031	0.25	171	0.207	6983	X-RAY DIFFRACTION	7317
3.803-4.0052	0.22	199	0.197	6673	X-RAY DIFFRACTION	7046
4.005-4.2434	0.234	159	0.184	6519	X-RAY DIFFRACTION	6776
4.243-4.53	0.22	135	0.179	6199	X-RAY DIFFRACTION	6395
4.53-4.8836	0.24	155	0.189	5753	X-RAY DIFFRACTION	5977
4.884-5.3356	0.236	155	0.203	5329	X-RAY DIFFRACTION	5543
5.336-5.942	0.302	136	0.232	4915	X-RAY DIFFRACTION	5098
5.942-6.8168	0.282	117	0.24	4365	X-RAY DIFFRACTION	4527
6.817-8.2431	0.193	87	0.187	3755	X-RAY DIFFRACTION	3866
8.243-11.2409	0.149	84	0.15	3012	X-RAY DIFFRACTION	3109
11.241-30	0.264	52	0.29	1923	X-RAY DIFFRACTION	1983

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7331	-0.5615	0.1677	2.4224	0.0499	1.0618	-0.0692	0.0973	0.0207	-0.0608	0.0442	-0.1251	-0.0603	0.2199	0.025	0.1395	-0.0214	0.0301	0.1502	0.0341	0.0681	1.814	9.025	-16.046
2	0.7464	-0.4006	0.5077	4.3288	2.409	10.4065	-0.0558	0.2315	-0.3382	-0.0892	0.5362	-0.6425	-1.102	1.2376	-0.4804	0.472	0.0428	0.1158	0.6823	0.0152	0.2854	21.146	8.094	-29.449
3	8.3958	-0.8165	-0.2393	8.5617	-0.5763	6.7974	0.3758	-0.0226	-0.6832	-0.3895	-0.635	-0.6171	0.793	1.092	0.2592	0.9534	0.3704	0.0285	0.8082	-0.0347	0.3833	11.128	8.198	-53.402
4	2.742	0.2105	0.3314	1.3934	0.0409	0.6243	-0.03	0.0144	-0.0111	-0.0067	0.0315	0.0637	-0.093	-0.0192	-0.0015	0.1391	-0.0122	-0.0049	0.0915	0.0503	0.0616	-22.272	41.447	-15.065
5	5.3541	-3.5657	-3.2285	5.0155	6.201	8.9604	0.1463	0.0024	0.8154	-0.3071	0.16	-1.0675	-0.1692	0.3375	-0.3062	0.2792	-0.1433	-0.0284	0.3009	0.0489	0.366	-9.509	56.31	-28.196
6	10.5669	0.4592	0.3226	7.5238	-0.3437	6.3543	0.2657	1.3382	0.0652	-0.1697	-0.1015	-0.349	-0.367	1.3108	-0.1641	0.5569	0.0745	0.0073	1.3316	0.1189	0.417	-14.598	47.938	-52.319
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9	11.0633	0.6653	0.758	8.4259	0.2803	4.9666	-0.2452	0.4625	-0.0936	-0.1759	0.1082	-0.8788	-0.6678	0.6449	0.137	0.6168	-0.0815	0.0989	0.7694	0.0254	0.5619	-61.721	53.137	-53.043
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11	2.2487	2.3861	-2.4507	5.0534	-3.1116	9.4953	0.3501	0.3398	0.8646	0.0145	0.2862	0.3607	0.6153	-1.0063	-0.6363	0.575	0.0826	-0.1212	0.4751	0.0075	0.3116	-105.239	22.323	-29.363
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15	8.9994	-0.9388	-0.0734	8.1368	0.4886	5.7087	-0.1009	-0.0395	-0.0565	0.1514	0.0307	0.5897	-0.1158	-0.9794	0.0702	0.4935	-0.0014	-0.0599	0.8089	0.068	0.2185	-90.049	-27.807	-54.254
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17	6.9522	-1.1774	4.7834	5.674	-2.914	8.3163	0.4502	0.3181	-1.5702	0.2448	0.2089	-0.0775	0.7576	0.0601	-0.6591	0.6178	-0.05	-0.0935	0.382	-0.1929	0.6987	-50.935	-64.265	-31.611
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20	4.4286	1.5271	3.8909	2.8705	-0.3566	10.5975	0.4599	0.4515	-0.8042	0.5204	-0.2493	-0.2854	-0.0145	1.1833	-0.2106	0.5917	0.0317	0.0433	0.4012	-0.0174	0.3196	2.186	-44.95	-31.444
21	8.5195	-0.113	-0.8139	9.072	-0.2258	6.217	-0.1694	-0.3833	-0.254	-0.3782	0.0191	0.6058	0.9342	-0.1226	0.1503	0.7798	-0.0378	-0.0081	0.5555	-0.0055	0.3246	-5.496	-36.69	-55.117

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 135	1 - 134
2	1	A	A	410 - 525	409 - 524
3	2	A	A	136 - 190	135 - 189
4	2	A	A	375 - 409	374 - 408
5	3	A	A	191 - 374	190 - 373
6	4	B	B	2 - 135	1 - 134
7	4	B	B	410 - 525	409 - 524
8	5	B	B	136 - 190	135 - 189
9	5	B	B	375 - 409	374 - 408
10	6	B	B	191 - 374	190 - 373
11	7	C	C	2 - 135	1 - 134
12	7	C	C	410 - 525	409 - 524
13	8	C	C	136 - 190	135 - 189
14	8	C	C	375 - 409	374 - 408
15	9	C	C	191 - 374	190 - 373
16	10	D	D	2 - 135	1 - 134
17	10	D	D	410 - 525	409 - 524
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21	13	E	E	2 - 135	1 - 134
22	13	E	E	410 - 525	409 - 524
23	14	E	E	136 - 190	135 - 189
24	14	E	E	375 - 409	374 - 408
25	15	E	E	191 - 374	190 - 373
26	16	F	F	2 - 135	1 - 134
27	16	F	F	410 - 525	409 - 524
28	17	F	F	136 - 190	135 - 189
29	17	F	F	375 - 409	374 - 408
30	18	F	F	191 - 374	190 - 373
31	19	G	G	2 - 135	1 - 134
32	19	G	G	410 - 525	409 - 524
33	20	G	G	136 - 190	135 - 189
34	20	G	G	375 - 409	374 - 408
35	21	G	G	191 - 374	190 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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