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万見
- PDB-1odv: Photoactive yellow protein 1-25 deletion mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1odv
タイトルPhotoactive yellow protein 1-25 deletion mutant
要素PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
キーワードSIGNALLING / PHOTOACTIVITY / P-COUMARIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種ECTOTHIORHODOSPIRA HALOPHILA (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Vreede, J. / Van Der horst, M.A. / Hellingwerf, K.J. / Crielaard, W. / Van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Pas Domains.Common Structure and Common Flexibility
著者: Vreede, J. / Van Der Horst, M.A. / Hellingwerf, K.J. / Crielaard, W. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2003年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
B: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6924
ポリマ－22,3632
非ポリマー3282
水6,557364
1
A: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3462
ポリマ－11,1821
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3462
ポリマ－11,1821
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.566, 82.566, 63.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2106-

HOH

21B-2178-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN / PYP


分子量: 11181.659 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P-COUMARIC ACID
由来: (組換発現) ECTOTHIORHODOSPIRA HALOPHILA (紅色硫黄細菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PHOTOACTIVE BLUE-LIGHT PROTEIN THAT PROBABLY FUNCTIONS AS A PHOTORECEPTOR FOR A NEGATIVE PHOTOTAXIS ...PHOTOACTIVE BLUE-LIGHT PROTEIN THAT PROBABLY FUNCTIONS AS A PHOTORECEPTOR FOR A NEGATIVE PHOTOTAXIS RESPONSE. COVALENTLY BINDS A 4-HYDROXYCINNAMYL (P-COUMARIC ACID) CHOROMOPHORE VIA A THIOESTER LINKAGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY EQUILIBRATION OF 1 ML OF 30 MG/ML PROTEIN WITH 1 ML OF MOTHER LIQUOR (1.8 M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM COCL[2], 100 MM MES PH 6.5) AGAINST A 1 ML RESERVOIR OF MOTHER ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY EQUILIBRATION OF 1 ML OF 30 MG/ML PROTEIN WITH 1 ML OF MOTHER LIQUOR (1.8 M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM COCL[2], 100 MM MES PH 6.5) AGAINST A 1 ML RESERVOIR OF MOTHER LIQUOR. CRYSTALS APPEARED AFTER 2-3 DAYS A LARGEST DIMENSION OF 0.4 MM.
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein11
21.8 Mammonium sulfate12
310 mM12CoCl2
4100 mMMES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器日付: 2000年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→17 Å / Num. obs: 299780 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.14→1.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 89.2
反射
*PLUS
Num. obs: 75208 / Num. measured all: 299780
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PHY

2phy


解像度: 1.14→17 Å / Num. parameters: 17869 / Num. restraintsaints: 21180 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 1096 0 %RANDOM
all0.1473 74065 --
obs0.1473 -93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 1459 / Occupancy sum non hydrogen: 1919
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 22 364 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0304
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.06
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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