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- PDB-1o9k: Crystal structure of the retinoblastoma tumour suppressor protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9k
タイトルCrystal structure of the retinoblastoma tumour suppressor protein bound to E2F peptide
要素
  • (RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN) x 2
  • TRANSCRIPTION FACTOR E2F1
キーワードAPOPTOSIS / TUMOUR SUPPRESSOR / CELL CYCLE REGULATION / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / negative regulation of fat cell proliferation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / lens fiber cell apoptotic process / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation ...Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / negative regulation of fat cell proliferation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / lens fiber cell apoptotic process / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation / importin-alpha family protein binding / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / positive regulation of extracellular matrix organization / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of centromere complex assembly / positive regulation of macrophage differentiation / glial cell apoptotic process / tissue homeostasis / protein localization to chromosome, centromeric region / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / neuron maturation / mRNA stabilization / myoblast differentiation / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / digestive tract development / anoikis / aortic valve morphogenesis / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA binding / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / negative regulation of glial cell proliferation / DNA-binding transcription activator activity / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / smoothened signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of fat cell differentiation / G2 Phase / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / G1/S-Specific Transcription / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / skeletal muscle cell differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of cell cycle / chromosome organization / chondrocyte differentiation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / glial cell proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / forebrain development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / striated muscle cell differentiation / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / DNA damage checkpoint signaling / epithelial cell proliferation / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phosphoprotein binding / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of cell growth / PML body / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / spindle / negative regulation of inflammatory response / kinase binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection development / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / sequence-specific double-stranded DNA binding / disordered domain specific binding / heterochromatin formation / cellular response to xenobiotic stimulus / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Replication of the SARS-CoV-2 genome / Oxidative Stress Induced Senescence
類似検索 - 分子機能
E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box ...E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-associated protein / Transcription factor E2F1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xiao, B. / Spencer, J. / Clements, A. / Ali-Khan, N. / Mittnacht, S. / Broceno, C. / Burghammer, M. / Perrakis, A. / Marmorstein, R. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Retinoblastoma Tumor Suppressor Protein Bound to E2F and the Molecular Basis of its Regulation
著者: Xiao, B. / Spencer, J. / Clements, A. / Ali-Khan, N. / Mittnacht, S. / Broceno, C. / Burghammer, M. / Perrakis, A. / Marmorstein, R. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2002年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
B: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
C: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
D: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
E: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
F: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
G: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
H: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
P: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1
Q: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1
R: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1
S: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,97512
ポリマ－181,97512
非ポリマー00
水4,504250
1
A: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
B: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
P: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4943
ポリマ－45,4943
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
2
C: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
D: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
Q: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4943
ポリマ－45,4943
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-20.2 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
3
E: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
F: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
R: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4943
ポリマ－45,4943
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area17500 Å2
手法PISA
4
G: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
H: RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
S: TRANSCRIPTION FACTOR E2F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4943
ポリマ－45,4943
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.996, 158.548, 110.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2014-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN / P105-RB / PRB


分子量: 25100.910 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAIN A, RESIDUES 372-589 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P06400
#2: タンパク質
RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN / P105-RB / PRB


分子量: 18265.477 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAIN B, RESIDUES 636-787 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P06400
#3: タンパク質・ペプチド
TRANSCRIPTION FACTOR E2F1 / PBR3 / PRB-BINDING PROTEIN E2F-1 / RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN 1


分子量: 2127.269 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 409-426 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q01094
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN: REGULATOR OF OTHER GENES. ACTS AS A TUMOR SUPPRESSOR. INTERACTS ...RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN: REGULATOR OF OTHER GENES. ACTS AS A TUMOR SUPPRESSOR. INTERACTS PREFERENTIALLY WITH TRANSCRIPTION FACTOR E2F1 TRANSCRIPTION FACTOR E2F1: TRANSCRIPTION ACTIVATOR THAT BINDS DNA COOPERATIVELY. FOUND IN THE PROMOTER REGION OF A NUMBER OF GENES WHOSE PRODUCTS ARE INVOLVED IN CELL CYCLE REGULATION OR IN DNA REPLICATION.
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: pH 7.80
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.14 Msodium citrate1reservoir
326 %PEG4001reservoir
44 %n-propanol1reservoir
50.1 MTris1reservoirpH7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 53846 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GUX

1gux


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / SU B: 13.486 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2386 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 44963 88.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20.47 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11724 0 0 250 11974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.96516096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.50231408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.414152391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.290.36227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2460.5609
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3320.3177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6590.517
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.57092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.341211520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1292.54864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.88834576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 175
Rwork0.249 3219
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.01380.00460.00320.2532-0.0086-0.00240.00020.00090.0195-0.00080.0070.0011-0.00080.0024-0.00730.0047-0.00010.00010.004700.004516.0485.64324.223
20.0435-0.066-0.01810.85970.01350.0217-0.00640.0062-0.0005-0.0036-0.0042-0.0065-0.0043-0.00830.01070.00430.00080.00080.0040.00020.005344.361-7.4214.97
30.1021-0.07750.10330.00960.0920.02940.0138-0.00790.030.01140.0016-0.01990.0042-0.0146-0.01530.005-0.000100.004700.004634.916117.8224.25
40.2437-0.01610.00160.2485-0.16330.1673-0.0035-0.00640.03050.00030.00120.0269-0.0181-0.03220.00220.00290.0011-0.00040.0049-0.00040.00556.626130.91714.949
50.16980.0026-0.0130.0523-0.01770.0046-0.01330.01520.02730.00050.00190.0098-0.01080.00650.01140.00480.00010.00010.004700.004522.237111.46594.235
60.42430.09610.09610.3858-0.28990.4705-0.00480.04080.0522-0.0448-0.01390.0203-0.04-0.00160.01860.00430.0004-0.00050.00280.0020.003527.31125.55364.979
70.17930.0610.13880.01790.0850.0047-0.00070.0156-0.0034-0.00770.0107-0.00970.01080.0046-0.010.00540.000100.004600.004465.48391.23594.168
80.41750.03060.02440.27320.10710.33830.02370.0688-0.0237-0.034-0.0043-0.03090.0489-0.0013-0.01930.00560.00050.0010.0076-0.00510.003860.42477.17364.969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A379 - 578
2X-RAY DIFFRACTION2B644 - 787
3X-RAY DIFFRACTION2P409 - 426
4X-RAY DIFFRACTION3C379 - 578
5X-RAY DIFFRACTION4D644 - 787
6X-RAY DIFFRACTION4Q409 - 426
7X-RAY DIFFRACTION5E379 - 578
8X-RAY DIFFRACTION6F644 - 787
9X-RAY DIFFRACTION6R409 - 426
10X-RAY DIFFRACTION7G379 - 578
11X-RAY DIFFRACTION8H - G644 - 787
12X-RAY DIFFRACTION8S409 - 426
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.368

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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