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万見
- PDB-1nr2: High resolution crystal structures of thymus and activation-regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nr2
タイトルHigh resolution crystal structures of thymus and activation-regulated chemokine
要素Thymus and activation-regulated chemokine
キーワードCYTOKINE / TARC / chemokine / CC-chemokine / chemotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / cellular response to type II interferon / chemotaxis ...CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / cellular response to type II interferon / chemotaxis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 17
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Asojo, O.A. / Boulegue, C. / Hoover, D.M. / Lu, W. / Lubkowski, J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structures of thymus and activation-regulated chemokine (TARC).
著者: Asojo, O.A. / Boulegue, C. / Hoover, D.M. / Lu, W. / Lubkowski, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of thymus and activation-regulated chemokine
著者: Asojo, O.A. / Hoover, D. / Boulegue, C. / Cater, S. / Lu, W. / Lubkowski, J.
履歴
登録2003年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymus and activation-regulated chemokine
B: Thymus and activation-regulated chemokine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1932
ポリマ－16,1932
非ポリマー00
水4,053225
1
A: Thymus and activation-regulated chemokine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0961
ポリマ－8,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thymus and activation-regulated chemokine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0961
ポリマ－8,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.772, 47.772, 58.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Thymus and activation-regulated chemokine / Small inducible cytokine A17 / CCL17 / CC chemokine TARC / T cell-directed CC


分子量: 8096.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q92583
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17M ammonium acetate, 0.085M trisodium citrate, 25.5% PEG 4000, 15% w/v glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
20.17 Mammonium acetate1reservoir
30.085 Mtrisodium citrate1reservoirpH5.6
425.5 %(w/v)PEG40001reservoir
515 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月4日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→10 Å / Num. all: 6647 / Num. obs: 6647 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 93.4
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5.5 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RANTES

解像度: 2.18→10 Å / Num. parameters: 4927 / Num. restraintsaints: 4188 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 334 5 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
all0.1924 6225 --
obs-6019 95.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1231
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1004 0 0 225 1229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0208
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.023
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.18 Å / 最低解像度: 2.26 Å / Rfactor Rfree: 0.391 / Rfactor Rwork: 0.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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