+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fxa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Dimerization domain of TP901-1 CI repressor | ||||||
Components | CI | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / CI repressor / dimerization domain / helical hook / TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | latency-replication decision / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / CI Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactococcus phage TP901-1 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Varming, A.K. / Rasmussen, K.K. / Lo Leggio, L. | ||||||
Funding support | Denmark, 1items
| ||||||
Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2018 Title: Structural basis of the bacteriophage TP901-1 CI repressor dimerization and interaction with DNA. Authors: Rasmussen, K.K. / Varming, A.K. / Schmidt, S.N. / Frandsen, K.E.H. / Thulstrup, P.W. / Jensen, M.R. / Lo Leggio, L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fxa.cif.gz | 104.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6fxa.ent.gz | 82.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6fxa_validation.pdf.gz | 459.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6fxa_full_validation.pdf.gz | 461.7 KB | Display | |
Data in XML | 6fxa_validation.xml.gz | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6fxa_validation.cif.gz | 17.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4160.738 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Lactococcus phage TP901-1 (virus) / References: UniProt: O48503 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.93 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 / Details: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI-111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→40.225 Å / Num. obs: 31189 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.95 % / Biso Wilson estimate: 10.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 0.852 / Net I/σ(I): 15.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5→40.225 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 17.86
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.13 Å2 / Biso mean: 18.0993 Å2 / Biso min: 2.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→40.225 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
|