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- PDB-1hst: CRYSTAL STRUCTURE OF GLOBULAR DOMAIN OF HISTONE H5 AND ITS IMPLIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hst
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GLOBULAR DOMAIN OF HISTONE H5 AND ITS IMPLICATIONS FOR NUCLEOSOME BINDING
要素HISTONE H5
キーワードCHROMOSOMAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA recombination / chromosome condensation / nucleosomal DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / double-stranded DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ramakrishnan, V. / Finch, J.T. / Graziano, V. / Lee, P.L. / Sweet, R.M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of globular domain of histone H5 and its implications for nucleosome binding.
著者: Ramakrishnan, V. / Finch, J.T. / Graziano, V. / Lee, P.L. / Sweet, R.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization of the Globular Domain of Histone H5
著者: Graziano, V. / Gerchman, S.E. / Wonacott, A.J. / Sweet, R.M. / Wells, J.R.E. / White, S.W. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録1993年3月30日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE H5
B: HISTONE H5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5792
ポリマ－19,5792
非ポリマー00
水00
1
A: HISTONE H5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7891
ポリマ－9,7891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HISTONE H5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7891
ポリマ－9,7891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.500, 80.400, 38.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: RESIDUES A 39 - A 44 AND B 39 - B 44 FORM A LOOP BETWEEN HELICES I AND II. THESE ARE NOT WELL DEFINED IN THE DENSITY, AND THEIR POSITIONS ARE ONLY PRELIMINARY.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7827, -0.2417, 0.5735), (0.2326, -0.9683, -0.0906), (0.5772, 0.0625, 0.8142)
ベクター: 43.02, 34.07, -10.67)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. HOWEVER, THE CONFORMATION OF THE REGION FROM RESIDUE 78 TO RESIDUE 97 IS DIFFERENT IN THE TWO CHAINS.

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要素

#1: タンパク質 HISTONE H5


分子量: 9789.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞株: H5 / 参照: UniProt: P02259

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 212.253-257 1990
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.2 M / 一般名: phosphate

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rwork: 0.27 / Rfactor obs: 0.27 / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 24 - 96 ARE REPRESENTED IN THIS ENTRY, ALTHOUGH POORLY DEFINED DENSITY IS VISIBLE BEYOND RESIDUE 96 OF CHAIN *A*. OF THE 89 RESIDUES OF THE POLYPEPTIDE CHAIN, 5 RESIDUES AT THE N- ...詳細: RESIDUES 24 - 96 ARE REPRESENTED IN THIS ENTRY, ALTHOUGH POORLY DEFINED DENSITY IS VISIBLE BEYOND RESIDUE 96 OF CHAIN *A*. OF THE 89 RESIDUES OF THE POLYPEPTIDE CHAIN, 5 RESIDUES AT THE N-TERMINUS AND 11 RESIDUES AT THE C-TERMINUS HAVE NOT BEEN INCLUDED IN THE MODEL; THUS THE R-FACTOR IS SOMEWHAT HIGH AT THIS POINT.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 0 0 0 1128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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