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万見
- PDB-6w74: Structure of cIAP with compound 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w74
タイトルStructure of cIAP with compound 15
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
キーワードLIGASE / cIAP E3 PROTAC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / CD40 receptor complex ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / XY body / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein monoubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / regulation of cell differentiation / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cAMP / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / placenta development / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / protein-folding chaperone binding / transferase activity / regulation of inflammatory response / response to ethanol / regulation of apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TKY / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of BTK:PROTAC:cIAP Ternary Complexes: From Snapshots to Ensembles
著者: Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S. / Horst, R. / Meng, Y. / Montgomery, J. / Xu, Y. / Feng, X. / Borzilleri, K. / Uccello, D.P. / Leverett, C. / Brown, S. / Che, Y. / Brown, M.F. / Hayward, M.M. ...著者: Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S. / Horst, R. / Meng, Y. / Montgomery, J. / Xu, Y. / Feng, X. / Borzilleri, K. / Uccello, D.P. / Leverett, C. / Brown, S. / Che, Y. / Brown, M.F. / Hayward, M.M. / Gilbert, A.M. / Noe, M.C.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5643
ポリマ－11,3191
非ポリマー1,2462
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.037, 33.651, 57.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.700, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / ...Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 11318.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13490, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-TKY / 14-{[(3S)-2-(N-methyl-L-alanyl-3-methyl-L-valyl)-3-{[(1R)-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]carbamoyl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl]oxy}-3,6,9,12-tetraoxatetradecan-1-yl (3R)-3-{5-amino-4-carbamoyl-3-[4-(2,4-difluorophenoxy)phenyl]-1H-pyrazol-1-yl}piperidine-1-carboxylate


分子量: 1180.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H79F2N9O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium Acetate Tetrahydrate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→27.4 Å / Num. obs: 4750 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.107→2.116 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 63 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4kmn

4kmn


解像度: 2.11→27.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 244 5.14 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.191 4746 88.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 90.23 Å2 / Biso mean: 43.34 Å2 / Biso min: 23.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0515 Å20 Å2-8.0202 Å2
2---1.8921 Å20 Å2
3---6.9435 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→27.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数684 0 40 51 775
Biso mean--56.82 49.16 -
残基数----87
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d246SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes143HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it750HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion88SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact899SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d750HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1023HARMONIC20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.49
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2817 19 4.8 %
Rwork0.2157 377 -
all0.2191 396 -
obs--98.76 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.2869 Å / Origin y: 5.6017 Å / Origin z: 12.7624 Å
111213212223313233
T-0.0312 Å20.0386 Å20.0323 Å2--0.0368 Å2-0.0191 Å2---0.1063 Å2
L2.1012 °20.0646 °2-0.2537 °2-4.1368 °20.8083 °2--5.2274 °2
S-0.1031 Å °-0.216 Å °0.0968 Å °0.5387 Å °0.0992 Å °0.0883 Å °0.1065 Å °0.2403 Å °0.0038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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