PDB-3d2q: Crystal structure of MBNL1 tandem zinc finger 3 and 4 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d2q

タイトル

Crystal structure of MBNL1 tandem zinc finger 3 and 4 domain

要素

Muscleblind-like protein 1

キーワード

METAL BINDING / RNA BINDING PROTEIN / tandem zinc finger domain / Alternative splicing / Metal-binding / Nucleus / RNA-binding / Zinc / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / nervous system development / double-stranded RNA binding / in utero embryonic development / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Teplova, M. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into RNA recognition by the alternative-splicing regulator muscleblind-like MBNL1.
著者: Teplova, M. / Patel, D.J.

履歴

登録	2008年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d2q.cif.gz	73 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d2q.ent.gz	54.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d2q_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d2q_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	3d2q_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	3d2q_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d2nC 3d2sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xpl-d 4ckv-d 6w74-d 1cfa-d 5yj1-15 1ff4-d 6dce-d 1biv-d 5yj0-14 4aix-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Muscleblind-like protein 1

B: Muscleblind-like protein 1

C: Muscleblind-like protein 1

D: Muscleblind-like protein 1

ヘテロ分子

33.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Muscleblind-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Muscleblind-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Muscleblind-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Muscleblind-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.166, 80.459, 55.357
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Muscleblind-like protein 1 / Triplet-expansion RNA-binding protein 分子量: 8169.182 Da / 分子数: 4 断片: tandem zinc finger 3 and 4 domains (UNP residues 178-246) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBNL1, EXP, KIAA0428, MBNL / プラスミド: Pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NR56
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 18% PEG 3350, 0.1M Mg acetate, 0.2 M sodium fluoride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2827 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38947 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.089
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 1.381 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21748	1979	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19716	-	-	-
obs	0.19822	36934	97.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.674 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2166	0	8	302	2476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.932	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.567	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.869	22.868	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.356	15	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.511	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.018	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.906	1.5	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.457	2	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.231	3	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.299	4.5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	131	-
R_work	0.266	2615	-
obs	-	-	93.27 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)