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- PDB-4n6v: Partial rotational order disorder structure of human stefin B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n6v
タイトルPartial rotational order disorder structure of human stefin B
要素Cystatin-B
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / stefin B / cystatin B / partial rotational order disorder / crystal disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / adult locomotory behavior / negative regulation of proteolysis / tertiary granule lumen / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...negative regulation of peptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / adult locomotory behavior / negative regulation of proteolysis / tertiary granule lumen / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / nucleolus / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25A, stefin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Renko, M. / Taler-Vercic, A. / Mihelic, M. / Zerovnik, E. / Turk, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Partial rotational lattice order-disorder in stefin B crystals.
著者: Renko, M. / Taler-Vercic, A. / Mihelic, M. / Zerovnik, E. / Turk, D.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: Cystatin-B
1: Cystatin-B
9: Cystatin-B
8: Cystatin-B
7: Cystatin-B
6: Cystatin-B
4: Cystatin-B
3: Cystatin-B
0: Cystatin-B
5: Cystatin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,16114
ポリマ－104,77710
非ポリマー3844
水13,601755
1
2: Cystatin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5742
ポリマ－10,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
1: Cystatin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5742
ポリマ－10,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
9: Cystatin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5742
ポリマ－10,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
8: Cystatin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5742
ポリマ－10,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
7: Cystatin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4781
ポリマ－10,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
6: Cystatin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4781
ポリマ－10,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
4: Cystatin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4781
ポリマ－10,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
3: Cystatin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4781
ポリマ－10,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
0: Cystatin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4781
ポリマ－10,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
5: Cystatin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4781
ポリマ－10,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.559, 95.559, 254.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質
Cystatin-B / Stefin-B / CPI-B / Liver thiol proteinase inhibitor


分子量: 10477.718 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 8-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04080
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.06717 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06717 Å / 相対比: 1
Reflection数: 1462171 / Rmerge(I) obs: 0.069 / D res high: 1.8 Å / Num. obs: 95273 / % possible obs: 90.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1.81.91986258.310.61
1.912.041403387.810.373
2.042.21452198.210.228
2.22.411350298.510.147
2.412.71219998.910.103
2.73.111081399.210.059
3.113.81922199.510.037
3.815.37713399.710.028
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 105058 / Num. obs: 95273 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 16923 / % possible all: 58.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1STF

1stf


解像度: 1.8→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.2268 / WRfactor Rwork: 0.1893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8597 / SU B: 5.225 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1589 / SU Rfree: 0.1465 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 4751 5 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
all0.2011 105058 --
obs0.1921 95273 90.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.69 Å2 / Biso mean: 23.8521 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7420 0 20 755 8195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0199425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.93212810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.771320558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96151144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.30225.041492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.39151630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5571530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5321.5854474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5321.5844472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5372.3685592
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 187 -
Rwork0.273 3875 -
all-4062 -
obs--52.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3663-0.12110.63240.09820.18191.1505-0.01490.0506-0.02760.00390.00110.0074-0.12740.03620.01390.08160.0052-0.0010.02560.01070.0114-0.114220.847749.836
24.11431.1860.94320.69050.52070.4201-0.0990.0263-0.0353-0.03780.06980.0016-0.03880.01970.02920.02680.01310.00520.0438-0.02450.0375-8.193519.072325.015
30.76320.99120.46913.54260.86570.33630.0983-0.0420.01370.0577-0.1269-0.02920.0273-0.04630.02860.04570.0173-0.02220.0321-00.0382-19.04798.1209-25.0581
40.2309-0.18150.21241.11340.53911.11930.00270.0168-0.00530.0364-0.0217-0.02610.0255-0.12620.0190.02810.00360.0070.0715-0.00490.0127-20.88030.0508-49.8049
50.55550.10530.11460.35860.0730.6797-0.0008-0.00360.03420.0065-0.00120.01950.04760.07640.0020.03340.0196-0.00060.06760.00830.0143-27.431643.389252.7812
60.6585-0.11980.09460.73320.00950.23490.01620.00270.0128-0.0408-0.00760.04090.03640.0462-0.00860.04290.02490.01090.0379-0.01820.0354-34.600731.77928.0457
70.74520.006-0.0290.65590.06480.1697-0.0105-0.05990.0496-0.02140.02320.01890.05920.0553-0.01270.04170.0306-0.01870.04560.00390.0358-31.800134.5596-27.9845
80.41560.1144-0.05740.4930.13270.82610.00040.01240.0240.00560.00570.02350.08110.0511-0.00610.06550.01830.01170.0345-0.00010.0128-43.392727.4199-52.7215
90.36660.04260.12681.9409-0.41260.41980.0079-0.036-0.0035-0.02120.12460.00230.004-0.1648-0.13250.0034-0.00670.0030.07950.05480.0602-20.3378-0.7454-0.0129
101.2871-0.05330.66870.06230.05170.51190.08890.0233-0.00180.0661-0.0032-0.02580.187-0.0011-0.08570.1441-0.0082-0.05030.01620.01220.0544-47.993329.4047-0.0354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION128 - 98
2X-RAY DIFFRACTION218 - 98
3X-RAY DIFFRACTION398 - 98
4X-RAY DIFFRACTION488 - 98
5X-RAY DIFFRACTION578 - 98
6X-RAY DIFFRACTION668 - 98
7X-RAY DIFFRACTION748 - 98
8X-RAY DIFFRACTION838 - 98
9X-RAY DIFFRACTION908 - 98
10X-RAY DIFFRACTION1058 - 98

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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