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- PDB-6w8i: Ternary complex structure - BTK cIAP compound 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w8i
タイトルTernary complex structure - BTK cIAP compound 15
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
  • Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードLIGASE/TRANSFERASE / cIAP E3 PROTAC / LIGASE / LIGASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of B cell cytokine production / regulation of necroptotic process / monocyte proliferation / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of B cell cytokine production / regulation of necroptotic process / monocyte proliferation / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-17A production / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / eosinophil homeostasis / regulation of B cell apoptotic process / proteoglycan catabolic process / CD40 receptor complex / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to molecule of fungal origin / XY body / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of type I hypersensitivity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / negative regulation of B cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / necroptotic process / B cell activation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cAMP / phospholipase binding / cell maturation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / placenta development / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / ubiquitin binding / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cellular response to reactive oxygen species / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / calcium-mediated signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Regulation of necroptotic cell death / positive regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / G beta:gamma signalling through BTK / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / ubiquitin protein ligase activity / DAP12 signaling / G alpha (12/13) signalling events / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / transferase activity / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PH domain / : / Death-like domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ring finger / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Zinc finger RING-type profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Zinc finger, RING-type / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TKY / Tyrosine-protein kinase BTK / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of BTK:PROTAC:cIAP Ternary Complexes: From Snapshots to Ensembles
著者: Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S. / Horst, R. / Meng, Y. / Montgomery, J. / Xu, Y. / Feng, X. / Borzilleri, K. / Uccello, D.P. / Leverett, C. / Brown, S. / Che, Y. / Brown, M.F. / Hayward, M.M. ...著者: Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S. / Horst, R. / Meng, Y. / Montgomery, J. / Xu, Y. / Feng, X. / Borzilleri, K. / Uccello, D.P. / Leverett, C. / Brown, S. / Che, Y. / Brown, M.F. / Hayward, M.M. / Gilbert, A.M. / Noe, M.C.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
C: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,03212
ポリマ－130,2956
非ポリマー3,7376
水00
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6774
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,2462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6774
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,2462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase BTK
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6774
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,2462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.250, 109.490, 188.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 32112.816 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / ...Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 11318.731 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13490, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-TKY / 14-{[(3S)-2-(N-methyl-L-alanyl-3-methyl-L-valyl)-3-{[(1R)-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]carbamoyl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl]oxy}-3,6,9,12-tetraoxatetradecan-1-yl (3R)-3-{5-amino-4-carbamoyl-3-[4-(2,4-difluorophenoxy)phenyl]-1H-pyrazol-1-yl}piperidine-1-carboxylate


分子量: 1180.341 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H79F2N9O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24% PEG3350, 0.2 M Sodium Formate pH 7, 200 mM Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 14726 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.8→3.813 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 156 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.368

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KMN; 5P9J

4kmn

5p9j


解像度: 3.8→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.805 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.713
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 745 5.06 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 14726 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 203.01 Å2 / Biso mean: 51.85 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.7859 Å20 Å20 Å2
2--2.3406 Å20 Å2
3----24.1265 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8206 0 258 0 8464
Biso mean--54.11 --
残基数----1044
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2982SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1583HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8455HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1085SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9641SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8731HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11854HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.37
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 64 4.7 %
Rwork0.246 1368 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20890.08020.068600.15560.24180.00060.00020.00590.0012-0.00180.0066-0.00730.01480.0012-0.00510.00290.00060.002-0.0035-0.0056-27.7277-8.139131.7082
20.2705-0.10670.0050.1337-0.02050.0265-0.00090.0084-0.0006-0.01680.00770.00120.00240.0072-0.0068-0.00470.00720.003-0.00020.00450.0047-53.232-44.034517.1726
30.14920.1410.05890.2383-0.09010.08710.0022-0.0004-0.00210.0011-0.0013-0.0010.00460.008-0.00090.0021-0.0076-0.0029-0.0048-0.01030.001-53.3085-17.743465.5074
40.18770.1371-0.12210.06860.05290.20820.00020.0028-0.00050.0052-0-0.0002-0.00320.0004-0.00020.00210.00070.00290.00450.00270.001-17.2128-38.588318.154
50.19290.03090.30760.0525-0.08990.0679-0.00030.0018-0.00120.0002-0.0011-0.00040.00370.00140.0014-0.00250.0106-0.00410.00390.0055-0.0017-63.317-12.37827.6133
60.05980.03-0.01250.04540.066300-0.00240.00110.0010.0010.00360.00220.002-0.0011-0.0045-0.0018-0.0014-0.002-0.01120.0013-84.0217-38.4372.967
70.0380.06810.04160.0614-0.23650.0873-0.00010.0039-0.0014-0.00270.00070-0.00170.0014-0.00060.0012-0.0017-0.00120.00090.00170.0005-50.7433-24.769835.4723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|393 - A|657 }A393 - 657
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|395 - B|657 }B395 - 657
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|395 - C|657 }C395 - 657
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|260 - D|351 D|501 - D|501 }D260 - 351
5X-RAY DIFFRACTION4{ D|260 - D|351 D|501 - D|501 }D501
6X-RAY DIFFRACTION5{ E|260 - E|352 E|501 - E|501 }E260 - 352
7X-RAY DIFFRACTION5{ E|260 - E|352 E|501 - E|501 }E501
8X-RAY DIFFRACTION6{ F|260 - F|352 F|501 - F|501 }F260 - 352
9X-RAY DIFFRACTION6{ F|260 - F|352 F|501 - F|501 }F501
10X-RAY DIFFRACTION7{ C|701 - C|701 E|502 - E|502 D|502 - D|502 }C701
11X-RAY DIFFRACTION7{ C|701 - C|701 E|502 - E|502 D|502 - D|502 }E502
12X-RAY DIFFRACTION7{ C|701 - C|701 E|502 - E|502 D|502 - D|502 }D502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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