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万見
- PDB-6w7o: Ternary complex structure - BTK cIAP compound 17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w7o
タイトルTernary complex structure - BTK cIAP compound 17
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
  • Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードLIGASE/TRANSFERASE / cIAP E3 PROTAC / LIGASE / LIGASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / : / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of B cell cytokine production / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / : / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of B cell cytokine production / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / regulation of B cell apoptotic process / CD40 receptor complex / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / XY body / cellular response to molecule of fungal origin / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of type I hypersensitivity / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of protein monoubiquitination / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / phospholipase activator activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-10 production / regulation of innate immune response / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / phospholipase binding / B cell activation / regulation of cell differentiation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / cell maturation / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cellular response to reactive oxygen species / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / placenta development / apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of TNFR1 signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / calcium-mediated signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Regulation of necroptotic cell death / positive regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic side of plasma membrane / G beta:gamma signalling through BTK / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / ubiquitin protein ligase activity / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transferase activity / protein-folding chaperone binding / regulation of cell population proliferation / ER-Phagosome pathway / protein tyrosine kinase activity / regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PH domain / : / Death-like domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Ring finger / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TL7 / Tyrosine-protein kinase BTK / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of BTK:PROTAC:cIAP Ternary Complexes: From Snapshots to Ensembles
著者: Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S. / Horst, R. / Meng, Y. / Montgomery, J. / Xu, Y. / Feng, X. / Borzilleri, K. / Uccello, D.P. / Leverett, C. / Brown, S. / Che, Y. / Brown, M.F. / Hayward, M.M. ...著者: Calabrese, M.F. / Schiemer, J.S. / Horst, R. / Meng, Y. / Montgomery, J. / Xu, Y. / Feng, X. / Borzilleri, K. / Uccello, D.P. / Leverett, C. / Brown, S. / Che, Y. / Brown, M.F. / Hayward, M.M. / Gilbert, A.M. / Noe, M.C.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1588
ポリマ－86,8634
非ポリマー2,2954
水7,296405
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5794
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,1482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5794
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,1482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.980, 56.330, 98.120
Angle α, β, γ (deg.)104.980, 100.890, 90.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 32112.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / ...Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 11318.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13490, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-TL7 / [5-({[(3S)-2-(N-methyl-L-alanyl-3-methyl-L-valyl)-3-{[(1R)-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]carbamoyl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl]oxy}methyl)pyrazin-2-yl]methyl (3R)-3-{5-amino-4-carbamoyl-3-[4-(2,4-difluorophenoxy)phenyl]-1H-pyrazol-1-yl}piperidine-1-carboxylate


分子量: 1082.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H65F2N11O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 50 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.7, 29% PE15/4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→94 Å / Num. obs: 38604 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 33.06 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.18 Å / Num. unique obs: 414 / CC1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KMN; 5P9J

4kmn

5p9j


解像度: 2.17→54.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU R Cruickshank DPI: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1895 4.91 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 38603 94.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.42 Å2 / Biso mean: 35.9 Å2 / Biso min: 9.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2655 Å2-3.5168 Å2-2.5636 Å2
2--0.9012 Å21.0484 Å2
3----5.1667 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→54.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5677 0 160 405 6242
Biso mean--41.05 36.28 -
残基数----709
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1099HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6001HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion732SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7265SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6001HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8126HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.52
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.247 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 160 5.1 %
Rwork0.275 3116 -
obs--94.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6457-0.035-0.16310.52280.06770.7516-0.0295-0.120.06010.05650.00750.03480.0197-0.01990.022-0.0787-0.0182-0.127-0.14020.00090.060514.790431.3508-11.3046
21.47480.0320.0010.4664-0.02150.6756-0.0120.1112-0.0131-0.0504-0.0169-0.01180.03590.05270.0289-0.0814-0.0123-0.1172-0.126-0.01910.06716.548628.6709-60.5493
30.79140.71231.17991.7752.16413.08250.0404-0.0708-0.0680.01940.0512-0.2573-0.1447-0.1821-0.0916-0.1411-0.0298-0.1124-0.19570.03970.169324.993955.401-19.7755
40.882-0.83751.52551.7674-2.33424.14960.05020.059-0.0882-0.09130.02650.225-0.1290.1394-0.0767-0.1438-0.0159-0.1078-0.2081-0.02480.14946.241453.2915-51.7141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|396 - A|656 }A396 - 656
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|396 - B|658 }B396 - 658
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|258 - C|350 C|401 - C|401 }C258 - 350
4X-RAY DIFFRACTION3{ C|258 - C|350 C|401 - C|401 }C401
5X-RAY DIFFRACTION4{ D|258 - D|349 D|401 - D|401 }D258 - 349
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|258 - D|349 D|401 - D|401 }D401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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