PDB-4c9n: Structure of camphor and hydroxycamphor bound D259N mutant of CYP101D1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c9n

タイトル

Structure of camphor and hydroxycamphor bound D259N mutant of CYP101D1

要素

CYTOCHROME P450

シトクロムP450

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MONO-OXYGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

monooxygenase activity / iron ion binding /

heme binding /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Batabyal, D. / L Poulos, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures and Functional Characterization of Wild Type and Active Sites Mutants of Cyp101D1.
著者: Batabyal, D. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2013年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c9n.cif.gz	344.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c9n.ent.gz	282.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c9kC 4c9lC 4c9mC 4c9oC 4c9pC 3lxiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zqj-3 2y5n-2 5ik1-d 1izo-2 4c9l-2 6mvd-1 5yhj-2 6lko-d 2h5a-d 3wrj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

96.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.506, 151.506, 196.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2009- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 / シトクロムP450 / CYP101D1 分子量: 47336.988 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア) 株: DSM12444 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GB12

-
非ポリマー , 5種, 491分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ- / 樟脳分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O
#4: 化合物	ChemComp-CAH / 5-EXO-HYDROXYCAMPHOR / (1R,4R)-5α-ヒドロキシボルナン-2-オン分子量: 168.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.21 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 / 詳細: 100 MM TRIS PH 8.2, 1.6M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.59 Å / Num. obs: 67852 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LXI

3lxi

解像度: 2.2→49.531 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	2000	3 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1778	67782	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.531 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6471	0	138	484	7093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.153	9310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.801	2533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1211

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.255	0.2901	140	0.2191	4604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.316	0.2057	141	0.2081	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.316-2.3842	0.2624	140	0.1957	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3842-2.4611	0.2229	141	0.1874	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.5491	0.2678	140	0.1919	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5491-2.6511	0.2489	142	0.1878	4650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6511-2.7718	0.2432	141	0.1795	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.9179	0.229	143	0.187	4699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9179-3.1007	0.214	141	0.1765	4667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1007-3.34	0.2098	143	0.1764	4682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.6761	0.1945	143	0.1629	4708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6761-4.2078	0.1749	145	0.1567	4774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2078-5.3004	0.1691	146	0.1505	4803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3004-49.5438	0.1989	154	0.1922	5064	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4357	-1.1453	-0.7214	1.3024	0.0634	1.6712	-0.0829	0.096	-0.1197	-0.0559	0.0847	0.0368	0.1271	0.0265	-0.0217	0.1247	-0.0349	-0.0102	0.1965	-0.0508	0.1474	33.0012	6.5732	2.8158
2	0.6017	-0.3582	-0.0066	1.4851	-0.0493	0.4142	-0.0742	0.1048	0.1745	-0.1066	0.075	-0.1954	-0.1055	0.1621	-0.0027	0.1428	-0.0571	-0.009	0.2887	-0.0395	0.2138	36.7727	27.3924	4.907
3	1.3894	0.2777	-0.3847	1.1343	0.2317	1.1628	-0.0505	0.22	0.0204	-0.2138	0.0486	0.2452	-0.1113	-0.227	-0.0127	0.2143	0.0166	-0.087	0.245	0.0383	0.1885	11.2783	30.5279	3.2193
4	1.6361	-0.2566	-0.0608	4.3673	0.579	2.1128	-0.0244	0.2091	0.2571	-0.2653	0.1095	-0.2043	-0.2205	0.1494	-0.0945	0.2241	-0.0795	-0.0245	0.2841	0.0443	0.2116	27.5594	38.6111	-4.8692
5	2.7217	0.6339	0.0625	4.0284	0.0045	1.8752	-0.1459	-0.0601	-0.0736	0.1185	0.1635	0.2601	-0.0136	-0.1085	-0.0156	0.0847	0.0592	-0.0253	0.2197	0.0214	0.1777	11.1202	19.2439	15.6104
6	2.0988	-0.0504	-0.2513	1.1187	-0.1523	0.826	-0.1109	-0.2565	-0.0103	0.1242	0.1404	-0.0505	-0.0125	0.1455	-0.0422	0.1237	0.0158	-0.0326	0.2503	-0.0235	0.1165	30.1753	19.4485	14.8008
7	2.039	0.014	-0.593	2.5065	0.9131	2.24	-0.084	-0.0785	-0.2419	0.0855	-0.0234	0.4309	0.0088	-0.3422	0.0779	0.1131	0.0218	-0.053	0.2405	0.037	0.2013	8.1226	20.5342	10.5929
8	2.1928	-1.47	0.149	2.9165	-0.0135	0.8544	-0.0933	-0.4962	0.0497	0.3676	0.1804	0.1409	0.1139	0.1359	-0.0755	0.1647	0.0627	0.0296	0.4178	0.0033	0.1731	37.0994	15.411	42.8358
9	1.7737	-0.2057	-0.4391	0.7664	0.0066	0.1176	0.0705	0.1602	0.3731	-0.1635	-0.1554	-0.2353	-0.0077	0.4317	0.0321	0.1797	0.0723	0.0126	0.5102	0.0501	0.2885	51.409	21.7659	28.7878
10	0.7134	-0.1751	-0.1664	0.5393	0.0656	0.3428	-0.058	-0.2788	0.0239	0.1795	-0.1853	-0.381	0.1336	0.515	-0.0177	0.2337	0.2286	0.0038	0.8201	0.1263	0.4416	65.4714	6.9253	37.7414
11	1.6406	-0.3464	0.0706	0.4449	0.0597	0.7159	-0.0008	0.0439	-0.0516	-0.1314	-0.0973	-0.3057	0.2542	0.5299	0.0595	0.2564	0.1861	0.0449	0.5389	0.0773	0.2882	58.4411	6.4815	28.9786
12	1.5789	-0.431	-0.0779	2.571	-0.1404	0.9508	0.0371	0.1699	-0.0253	-0.18	-0.1031	0.0903	0.1462	0.1564	0.0659	0.1545	0.0918	-0.0245	0.3284	0.0035	0.1588	41.4139	12.4562	27.7482
13	1.0411	-0.4498	-0.2316	0.9102	0.1796	0.8175	-0.0169	-0.053	-0.542	-0.0294	-0.12	-0.0193	0.4874	0.3137	-0.0215	0.3622	0.4259	0.0766	0.5615	0.1321	0.4642	55.7719	-6.8241	37.1228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 64 THROUGH 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 123 THROUGH 193 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 194 THROUGH 258 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 259 THROUGH 285 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 286 THROUGH 367 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 368 THROUGH 417 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 11 THROUGH 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 64 THROUGH 122 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 123 THROUGH 219 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 220 THROUGH 308 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 309 THROUGH 367 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 368 THROUGH 417 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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