+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c9m | ||||||
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Title | Structure of substrate free, glycerol bound wild type CYP101D1 | ||||||
Components | CYTOCHROME P450 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | Batabyal, D. / L Poulos, T. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Crystal Structures and Functional Characterization of Wild Type and Active Sites Mutants of Cyp101D1. Authors: Batabyal, D. / Poulos, T.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c9m.cif.gz | 484.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c9m.ent.gz | 407.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c9m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4c9m_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4c9m_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4c9m_validation.xml.gz | 40.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4c9m_validation.cif.gz | 61.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4c9kC 4c9lC 4c9nC 4c9oC 4c9pC 3lxiS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47337.973 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (bacteria) Strain: DSM12444 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q2GB12 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.08 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.2 / Details: 100MM TRIS, PH 8.2, 1.6M AMMONIUM SULPHATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 18, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→49.8 Å / Num. obs: 121820 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6.2 / Redundancy: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 18.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Redundancy: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3LXI Resolution: 1.801→48.076 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.801→48.076 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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