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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c9k | ||||||
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Title | Structure of Camphor and Hydroxycamphor bound wild type CYP101D1 | ||||||
![]() | CYTOCHROME P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE | ||||||
Function / homology | ![]() oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Batabyal, D. / L Poulos, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures and Functional Characterization of Wild-Type Cyp101D1 and its Active Site Mutants. Authors: Batabyal, D. / Poulos, T.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 344.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 281.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4c9lC ![]() 4c9mC ![]() 4c9nC ![]() 4c9oC ![]() 4c9pC ![]() 3lxiS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 47337.973 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM12444 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.07 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.2 / Details: 100MM TRIS PH 8.2, 1.6M AMMONIUM SULPHATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 30, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.18→50.2 Å / Num. obs: 69832 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 7 / Redundancy: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 30.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.18→2.3 Å / Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3LXI Resolution: 2.18→49.53 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→49.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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