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万見
- PDB-1ngy: Chimeric Mature Fab 7g12-Apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngy
タイトルChimeric Mature Fab 7g12-Apo
要素
  • Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
  • Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / antigen binding fragment (Fab)
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yin, J. / Andryski, S.A. / Beuscher, A.B. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structural evidence for substrate strain in antibody catalysis
著者: Yin, J. / Andryski, S.A. / Beuscher, A.B. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE The gene sequences are derived from a mouse hybridoma. The sequences of the protein chains ...SEQUENCE The gene sequences are derived from a mouse hybridoma. The sequences of the protein chains are not found in any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
B: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4882
ポリマ－46,4882
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.792, 95.008, 155.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain


分子量: 23374.963 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain


分子量: 23113.029 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000MME, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 6.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
127 %PEG2000 MME1drop
2250 mMammonium sulfate1drop
30.5 mMMP1drop
410 mMHEPES1droppH6.6
527 %PEG2000MME1reservoir
6200 mMammonium sulfate1reservoir
7100 mMTris1reservoirpH8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.83 Å / Num. all: 22829 / Num. obs: 22829 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: 0 / Limit k max: 43 / Limit k min: 0 / Limit l max: 70 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 743027.98 / Observed criterion F min: 1.58
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 22861 / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all: 200436 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 10.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1102 4.9 %random
Rwork0.235 ---
all-23199 --
obs-22658 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 45.0965 Å2 / ksol: 0.363159 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.71 Å2 / Biso mean: 34.94 Å2 / Biso min: 7.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5 Å20 Å20 Å2
2---4.86 Å20 Å2
3---2.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.13 Å
Luzzati d res high-2.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 0 0 146 3411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.81
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.30.2881314.80.23225930.0252850272495.6
2.3-2.420.3271425.10.25926340.0272882277696.3
2.42-2.570.2921274.50.24826840.0262877281197.7
2.57-2.770.3251234.40.25926690.0292862279297.6
2.77-3.050.3241354.70.26927110.0282886284698.6
3.05-3.490.3211545.40.26727130.0262884286799.4
3.49-4.390.2821404.80.21927550.0242942289598.4
4.39-19.820.1841505.10.19527970.0153035294797.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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