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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mk5 | ||||||
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タイトル | Wildtype Core-Streptavidin with Biotin at 1.4A. | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | Biotin-binding protein / homodimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hyre, D.E. / Le Trong, I. / Merritt, E.A. / Green, N.M. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cooperative hydrogen bond interactions in the streptavidin-biotin system 著者: Hyre, D.E. / Le Trong, I. / Merritt, E.A. / Eccleston, J.F. / Green, N.M. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13281.336 Da / 分子数: 2 / 断片: Core Streptavidin (residues 13-139) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: core streptavidin / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: ammonium sulphate, sodium acetate, sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 44171 / Num. obs: 44171 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 93.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 383001 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS 開始モデル: 1DF8 解像度: 1.4→10 Å / Num. parameters: 18964 / Num. restraintsaints: 23730 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 1690 / Occupancy sum non hydrogen: 2069 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 38979 / Rfactor Rwork: 0.128 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |