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万見
- PDB-1mex: Antibody Catalysis of a Bimolecular Cycloaddition Reaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mex
タイトルAntibody Catalysis of a Bimolecular Cycloaddition Reaction
要素
  • Fab 29G12 heavy chain
  • Fab 29G12 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-RAC
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Heine, A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Antibody Catalysis of a Bimolecular Cycloaddition Reaction
著者: Heine, A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQRES Author states the sequence should correspond to other antibody FAB sequences listed in the ...SEQRES Author states the sequence should correspond to other antibody FAB sequences listed in the Kabat and Wu "Sequence of proteins of immunological interest". In addition, author states residues 133 and 134 of chain H were refined as ALA, since there was no conclusive side chain density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 29G12 light chain
H: Fab 29G12 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7593
ポリマ－46,4162
非ポリマー3421
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.320, 83.310, 107.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab 29G12 light chain


分子量: 23625.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ascitic fluid
#2: 抗体 Fab 29G12 heavy chain


分子量: 22790.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ascitic fluid
#3: 化合物 ChemComp-RAC / 4-(2-DIMETHYLCARBAMOYL-PHENYLCARBAMOYLOXYMETHYL)-BENZOIC ACID / 4-[2-(ジメチルカルバモイル)フェニルカルバモイルオキシメチル]安息香酸


分子量: 342.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPEG2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 84 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.96482 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月6日 / 詳細: single crystal bent
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96482 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→20 Å / Num. all: 112412 / Num. obs: 112412 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 7422 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→10 Å / Num. parameters: 34859 / Num. restraintsaints: 41965 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 5609 5 %RANDOM
Rwork0.1532 ---
all-112119 --
obs-112119 99.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 3128 / Occupancy sum non hydrogen: 3842
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3253 0 25 592 3870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0306
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.091

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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